Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000818`

染色体: Chr02 坐标: 13725411-13725815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000818`
名称	SmilChr02G000818
描述	uncharacterized SmilChr02G000818
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	13725411 - 13725815 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008023`
GeneID	`131008023`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008023`
原始查询	`SmilChr02G000818`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0630250; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0630250; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os02g0630250` - identity=30.4; qcov=0.858; evalue=1.67e-07; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790909.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790909.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790909.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790909.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790909.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:13725420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:13725512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,C53,C66
`Chr2:13725519`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B71,C14,C62
`Chr2:13725529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B71,C62,D10
`Chr2:13725529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C62,D10
`Chr2:13725536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C38
`Chr2:13725537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr2:13725546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:13725579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr2:13725580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B74,B95,C14
`Chr2:13725611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:13725626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790909.1

134 aa

134

RVT_3

PF13456 RVT_3 7-102 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790909.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	7	102	5.4e-13	49.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934926.1
ATGCGTGACGCCTCGTCTGTCTTAGGTTGTTTCCATTTCTCTGCTGGCCGTGGTTGGGCGTTTGAAGCCGAGCTTCTTGCCCTCATCATTGCCCTGGAACAGATCATCGTTCAGAACTGGGATTTCGTGTGGATTGAGACGGACTGCACTTACATGGTAGATCTCCTCCGTTCGCGCTCCCACACGGTCCCGTGGAGATTCTTCAGTCGTTGGCGGAAGGTTCTTTCTTCCATTGCTGATTTGCACATTATTATCACTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008023
ATGCGTGACGCCTCGTCTGTCTTAGGTTGTTTCCATTTCTCTGCTGGCCGTGGTTGGGCGTTTGAAGCCGAGCTTCTTGCCCTCATCATTGCCCTGGAACAGATCATCGTTCAGAACTGGGATTTCGTGTGGATTGAGACGGACTGCACTTACATGGTAGATCTCCTCCGTTCGCGCTCCCACACGGTCCCGTGGAGATTCTTCAGTCGTTGGCGGAAGGTTCTTTCTTCCATTGCTGATTTGCACATTATTATCACTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790909.1
MRDASSVLGCFHFSAGRGWAFEAELLALIIALEQIIVQNWDFVWIETDCTYMVDLLRSRSHTVPWRFFSRWRKVLSSIADLHIIITHIYREGNRVADFMASSVTEEGIWPFAIPEILHLVRDDRRGLPYIRIAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器