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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000819

染色体: Chr02 坐标: 13793998-13794387 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000819
名称SmilChr02G000819
描述uncharacterized SmilChr02G000819
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向13793998 - 13794387 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008024
GeneID131008024
locus_tag-
NCBI NameLOC131008024
原始查询SmilChr02G000819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=37.5; qcov=0.992; evalue=4.25e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790910.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790910.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057790910.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790910.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:13794006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:13794008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr2:13794015 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A16,A22,B113,B20,B37,B6,B88,B96,C34,C62,C63,C64,C66,C80,C81
Chr2:13794027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C16
Chr2:13794042 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A20,A3,B104,B106,B114,B12,B129,B137,B139,B15,B16,B24,B27,B47,B55,B57,B63,B82,C13,C2,C20,C46,C60,C61,D10,D7
Chr2:13794043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:13794054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:13794064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B48,C1,C29
Chr2:13794081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C20,C68
Chr2:13794093 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C61,C8
Chr2:13794093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C61,C8
Chr2:13794121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934927.1
ATGGAAAGGATCTTTAGGTTCCTTAGATGCAATGATGTTGAGCGCCTTATGTGTATGTCATACCAGCTCAAGGGATCCGCAGATTATTGGTGGGAGGCCAAACAGAAGACTTTAACCCCTGATCAAGTAGATGAACTTACATGGGAGCAATTCAAAATAGTTCTCTGCGAGAAATACATACCGCGTAGCTATCGCAAGAAGAAGGAGATGGAGTTTGTAAGTTTAAAACAAGGAAATAAGATGGTAGCTGAATATGACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008024
ATGGAAAGGATCTTTAGGTTCCTTAGATGCAATGATGTTGAGCGCCTTATGTGTATGTCATACCAGCTCAAGGGATCCGCAGATTATTGGTGGGAGGCCAAACAGAAGACTTTAACCCCTGATCAAGTAGATGAACTTACATGGGAGCAATTCAAAATAGTTCTCTGCGAGAAATACATACCGCGTAGCTATCGCAAGAAGAAGGAGATGGAGTTTGTAAGTTTAAAACAAGGAAATAAGATGGTAGCTGAATATGACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790910.1
MERIFRFLRCNDVERLMCMSYQLKGSADYWWEAKQKTLTPDQVDELTWEQFKIVLCEKYIPRSYRKKKEMEFVSLKQGNKMVAEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKMSELFCAGLKQDIRVVLASQSTLT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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