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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000857

染色体: Chr02 坐标: 14637642-14638544 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000857
名称SmilChr02G000857
描述uncharacterized SmilChr02G000857
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向14637642 - 14638544 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008031
GeneID131008031
locus_tag-
NCBI NameLOC131008031
原始查询SmilChr02G000857

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=33.9; qcov=0.847; evalue=2.35e-33; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=30.8; qcov=0.963; evalue=5.13e-40; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790918.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790918.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790918.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790918.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790918.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:14637649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr2:14637655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C12,C18
Chr2:14637675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:14637703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B74
Chr2:14637707 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B23,B26,B4,B48,B57,B7,C44,C86,D3
Chr2:14637728 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 25 A19,B115,B136,B18,B19,B21,B26,B29,B31,B59,B62,B65,B84,B89,B94,C10,C13,C16,C29,C56,C61,C84,D2,D6,D9
Chr2:14637734 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 39 A19,A2,A21,A25,A3,A5,B1,B113,B119,B130,B134,B16,B22,B28,B4,B44,B5,B51,B57,B62,B71,B85,B9,B94,C11,C18,C23,C26,C30,C31,C38,C47,C48,C67,C69,C82,C83,C85,D5
Chr2:14637735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:14637741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B4,B89,C44,D3
Chr2:14637744 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B15,B53
Chr2:14637744 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B15,B53
Chr2:14637764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934935.1
ATGGTTAAGCTCAAACGGCTTAAGCGGGAGTTGCAAAGCTGGAACAGGAGTACTTTTGGACAGGTAGACAAGCTCGTGATTGCCGCCCAGAAAGAGTTGACAGATATTCAGCTGAATATTTCTTCCCAGGGATATACTGATGATCTTTTTGATAAGGAGGTTCAAGCCCAGGCTAAAATTAATGTGGCGCTTTCCCAAAAGAGTTGTCTGTTGCAGCAAAAAAGTCGTGTGTCTTGGTTGAACGATGGTGATAGAAACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008031
ATGGTTAAGCTCAAACGGCTTAAGCGGGAGTTGCAAAGCTGGAACAGGAGTACTTTTGGACAGGTAGACAAGCTCGTGATTGCCGCCCAGAAAGAGTTGACAGATATTCAGCTGAATATTTCTTCCCAGGGATATACTGATGATCTTTTTGATAAGGAGGTTCAAGCCCAGGCTAAAATTAATGTGGCGCTTTCCCAAAAGAGTTGTCTGTTGCAGCAAAAAAGTCGTGTGTCTTGGTTGAACGATGGTGATAGAAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790918.1
MVKLKRLKRELQSWNRSTFGQVDKLVIAAQKELTDIQLNISSQGYTDDLFDKEVQAQAKINVALSQKSCLLQQKSRVSWLNDGDRNTAFFHASLRYKQKPNRIQSLMIDGNMVSDQDSIGEHIVEYFTKLFTDDSGSDVGIADIEAVIEHVILDDHNAILLAIPTDEEISAAVFGMDSNSSLGPDGFSGKFFQACWEIVKKDIWRAVRTFFVGSYLPTGCNSSTMVLIPKKKNVVSVSDLRPIVLSNFFFKIISKVLAVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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