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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000863

染色体: Chr02 坐标: 14819324-14819936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000863
名称SmilChr02G000863
描述uncharacterized SmilChr02G000863
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向14819324 - 14819936 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008035
GeneID131008035
locus_tag-
NCBI NameLOC131008035
原始查询SmilChr02G000863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790922.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057790922.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057790922.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057790922.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:14819338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A21,B28,B65,D5
Chr2:14819342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B76
Chr2:14819353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B106,C71,D2
Chr2:14819355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B101,D2
Chr2:14819363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C48
Chr2:14819391 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B100,B132,B135,C15
Chr2:14819391 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B100,B132,B135,C15
Chr2:14819402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,B99,C66
Chr2:14819411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C75
Chr2:14819426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr2:14819428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,D6
Chr2:14819430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934939.1
ATGGGAGCCCGAGCTCACCCCCCTGTGAAAAAATCGAAGAAGGCCCAGGCGGGCAAAGCAACTCCGGCGCGACCCACTGTCGCACCACCACCTGTTCAAGCCCAACCTCAACCGCAAATTCCAGAAACCTCCATGCAGGAGGGGAGAACCGCTTCCGAGGATACGGAACAGGAAGAACAAGAGAAAGCGGACGAGGAGAAGGGGGAAGAAGAGAAGGTGGACGAGGAAGAGGCTAATGAAGGAGACGAAGTTGAGGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008035
ATGGGAGCCCGAGCTCACCCCCCTGTGAAAAAATCGAAGAAGGCCCAGGCGGGCAAAGCAACTCCGGCGCGACCCACTGTCGCACCACCACCTGTTCAAGCCCAACCTCAACCGCAAATTCCAGAAACCTCCATGCAGGAGGGGAGAACCGCTTCCGAGGATACGGAACAGGAAGAACAAGAGAAAGCGGACGAGGAGAAGGGGGAAGAAGAGAAGGTGGACGAGGAAGAGGCTAATGAAGGAGACGAAGTTGAGGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790922.1
MGARAHPPVKKSKKAQAGKATPARPTVAPPPVQAQPQPQIPETSMQEGRTASEDTEQEEQEKADEEKGEEEKVDEEEANEGDEVEAVQEEELRPDQHRQAVRPEPKIAKEHGTSRPISGEIVMLTVELKEIKDELLMLGAEVATLRDTMEEGFKAMEAGFKEIKERLNAEARSSDQND

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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