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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000869

染色体: Chr02 坐标: 14928396-14936575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000869
名称SmilChr02G000869
描述metacaspase-4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向14928396 - 14936575 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011324
GeneID131011324
locus_tag-
NCBI NameLOC131011324
原始查询SmilChr02G000869

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metacaspase-4-like
产物metacaspase-4-like
ArabidopsisAT1G79340 (MC4)
metacaspase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844272]
identity=49.3; qcov=1.22; evalue=4.57e-126; confidence=high
RiceOs05g0496500 (OsMC5)
-
identity=46.6; qcov=1.21; evalue=2.05e-113; confidence=high
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00656 (Peptidase_C14); PF31181 (Pept_C14_Metacaspase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795088.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795088.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795088.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795088.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795088.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:14934951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A16,B54,C15,C30
Chr2:14935075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B99,D4
Chr2:14935087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,B66
Chr2:14935099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:14935133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C32,C68
Chr2:14935151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B4,C44,D3
Chr2:14935739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B35
Chr2:14935821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B136,B55,B94
Chr2:14935824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:14935833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B99,D4
Chr2:14935846 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 59 A19,A2,A21,A25,A3,A5,B1,B101,B103,B108,B110,B113,B117,B118,B119,B123,B124,B130,B134,B16,B21,B22,B27,B28,B37,B4,B44,B5,B50,B51,B53,B57,B62,B71,B74,B80,B85,B9,B94,C11,C18,C2,C25,C26,C30,C31,C37,C38,C44,C47,C48,C53,C67,C69,C73,C80,C82,C85,D5
Chr2:14935858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795088.1
347 aa
N
1
174
347
Pept_C14_Metacaspase
Peptidase_C14
C
PF31181 Pept_C14_Metacaspase 3-144 aa PF00656 Peptidase_C14 3-339 aa
XP_057795089.1
347 aa
N
1
174
347
Pept_C14_Metacaspase
Peptidase_C14
C
PF31181 Pept_C14_Metacaspase 3-144 aa PF00656 Peptidase_C14 3-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795088.1 Pfam PF31181 Pept_C14_Metacaspase Domain 3 144 1.2e-43 150.0 Metacaspase, peptidase C14 domain
XP_057795088.1 Pfam PF00656 Peptidase_C14 Domain 3 339 1.8e-38 133.2 Caspase domain
XP_057795089.1 Pfam PF31181 Pept_C14_Metacaspase Domain 3 144 1.2e-43 150.0 Metacaspase, peptidase C14 domain
XP_057795089.1 Pfam PF00656 Peptidase_C14 Domain 3 339 1.8e-38 133.2 Caspase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939105.1
CACCTAATCATAATTCATAAACCATTTTATGGCCAACAATTATTCCACGTTGCCTCATTTCATCTATAAAATCTGCTCGCACAAAGTCGTTTCTTCACTCTGCTCAATCCATTTTCCCCAAGCTTGAGCTTCTTCTCAGTTATACTCCATTTCAGAGCAAGTATTGCAGCTGAACAATAGCATAACACCAAGGCCAGCGTTTATTTCAAATCATCATCCACCGGTAAAAACAAAACTTTCATTATCAGATTCAAAACAAA...
XM_057939106.1
CACCTAATCATAATTCATAAACCATTTTATGGCCAACAATTATTCCACGTTGCCTCATTTCATCTATAAAATCTGCTCGCACAAAGTCGTTTCTTCACTCTGCTCAATCCATTTTCCCCAAGCTTGAGCTTCTTCTCAGTTATACTCCATTTCAGAGCAAGTATTGCAGCTGAACAATAGCATAACACCAAGGCCAGCGTTTATTTCAAATCATCATCCACCGTGCGATTGTAAACAAATAAAGGGATCCAAGCAGTAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011324
ATGACGAAAAGGGCGGTGCTGATAGGCTGCAATTACCCGGGCACCAAGGCGAAGCTGAATGGCTGTATTAACGATGTGCGGCGGATGCACCGCTGCCTGCTCGACCGCTATGGTTTTCCGGCGGAACATATCGTGGTGCTCATAGATACGGAAGGTAGCGCCAACGCGCAGCCCACCGGCAAGAACATACGCGCCGCCCTTTCCAACATGGTGGCCTCCGCCAAGGCCGGCGACATCCTGTTCGTGCACTACAGCGGCCA...
LOC131011324
ATGACGAAAAGGGCGGTGCTGATAGGCTGCAATTACCCGGGCACCAAGGCGAAGCTGAATGGCTGTATTAACGATGTGCGGCGGATGCACCGCTGCCTGCTCGACCGCTATGGTTTTCCGGCGGAACATATCGTGGTGCTCATAGATACGGAAGGTAGCGCCAACGCGCAGCCCACCGGCAAGAACATACGCGCCGCCCTTTCCAACATGGTGGCCTCCGCCAAGGCCGGCGACATCCTGTTCGTGCACTACAGCGGCCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795088.1
MTKRAVLIGCNYPGTKAKLNGCINDVRRMHRCLLDRYGFPAEHIVVLIDTEGSANAQPTGKNIRAALSNMVASAKAGDILFVHYSGHGVRLPADDDDTGYDECIVPTDMNLITDDDFRELVNKVAKGCRITIVSDSCHSGGLIDKAKEQIGESTRPNWKAQVTNVEKPPPGSLKNLLDAAAPKVKKLMKKVKRKFLGQEVEHLVTPKSLPLSTLIEILKQKTGKLNIGVGELRPTLFAMFRDDSTPKVKKIMTAVMWKFL...
XP_057795089.1
MTKRAVLIGCNYPGTKAKLNGCINDVRRMHRCLLDRYGFPAEHIVVLIDTEGSANAQPTGKNIRAALSNMVASAKAGDILFVHYSGHGVRLPADDDDTGYDECIVPTDMNLITDDDFRELVNKVAKGCRITIVSDSCHSGGLIDKAKEQIGESTRPNWKAQVTNVEKPPPGSLKNLLDAAAPKVKKLMKKVKRKFLGQEVEHLVTPKSLPLSTLIEILKQKTGKLNIGVGELRPTLFAMFRDDSTPKVKKIMTAVMWKFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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