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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000885

染色体: Chr02 坐标: 15256490-15257502 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000885
名称SmilChr02G000885
描述uncharacterized SmilChr02G000885
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15256490 - 15257502 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008043
GeneID131008043
locus_tag-
NCBI NameLOC131008043
原始查询SmilChr02G000885

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=low
产物aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=35.9; qcov=0.327; evalue=4.5e-09; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008043

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790928.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790928.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790928.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790928.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790928.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15256490 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 20 A22,B100,B12,B2,B32,B37,B56,B6,B64,B75,B96,C22,C27,C32,C43,C63,C68,C74,C83,C87
Chr2:15256508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C22,C67,C75,C87
Chr2:15256515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C22,C67,C75,C79,C87
Chr2:15256523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B75,C22,C87
Chr2:15256543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B83
Chr2:15256568 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 39 A11,A21,A22,A3,B102,B106,B109,B110,B117,B130,B139,B14,B18,B21,B34,B42,B50,B53,B55,B6,B61,B63,B66,B67,B73,B76,B83,B86,B87,B91,B95,C31,C53,C55,C57,C63,C71,C76,C82
Chr2:15256571 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 40 A11,A21,A22,A3,B102,B106,B109,B110,B117,B130,B139,B14,B18,B21,B34,B42,B50,B53,B55,B6,B61,B63,B66,B67,B73,B76,B83,B86,B87,B91,B95,C27,C31,C53,C55,C57,C63,C71,C76,C82
Chr2:15256592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:15256595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B62,C66
Chr2:15256598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B62,C66
Chr2:15256614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C66,C87
Chr2:15256623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C22,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934945.1
ATGCAGAAGAACTTTGCCCAGATGAACGCCAACAAGAACAACATAGAGTTGCCCCCACAGATCATGGTACCTAACAACAAGGCACAAGTGAATGCAGTTAACCTGAGGAGTGGCAAGACTTTGCCTGAAGTAGTGCATGTGGCTGAAGATGGATCTGAGCCCACAAACAATGAAGAGAAGGTGGATGAGGAGATAAAGATGGAGAAACCACCCCAACCTACCCCAGAATTGAAAAAGAAGGATGTGCCCAAAGCCGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008043
ATGCAGAAGAACTTTGCCCAGATGAACGCCAACAAGAACAACATAGAGTTGCCCCCACAGATCATGGTACCTAACAACAAGGCACAAGTGAATGCAGTTAACCTGAGGAGTGGCAAGACTTTGCCTGAAGTAGTGCATGTGGCTGAAGATGGATCTGAGCCCACAAACAATGAAGAGAAGGTGGATGAGGAGATAAAGATGGAGAAACCACCCCAACCTACCCCAGAATTGAAAAAGAAGGATGTGCCCAAAGCCGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790928.1
MQKNFAQMNANKNNIELPPQIMVPNNKAQVNAVNLRSGKTLPEVVHVAEDGSEPTNNEEKVDEEIKMEKPPQPTPELKKKDVPKAEEKSKVVIKPPFPGRLAKNREAEEMSSLVKMFQKEIYTKKVVYTSDVKFHMGEQVSAVLKRDMPTKYEDPGMFYILCIIGDTRIKQAMLDLGASINVMPLTIYQELKIGSLKPTRVVIQLADMSSVYPEGIVDNVLVKVQDLIFPANFYVLNMAGSKAKPAVMLLGRPFLKTAQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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