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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000905

染色体: Chr02 坐标: 15619672-15620148 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000905
名称SmilChr02G000905
描述uncharacterized SmilChr02G000905
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15619672 - 15620148 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008049
GeneID131008049
locus_tag-
NCBI NameLOC131008049
原始查询SmilChr02G000905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790935.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790935.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790935.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790935.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790935.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15619678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:15619681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B29
Chr2:15619752 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A2,A21,A7,B10,B11,B138,B4,B43,B60,C13,C45,C56,C72,C75,C83,D10
Chr2:15619811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C80
Chr2:15619813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C80
Chr2:15619814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B15
Chr2:15619855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C83
Chr2:15619903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C83
Chr2:15619976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr2:15619983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B35,B72
Chr2:15620008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B57,B71
Chr2:15620013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B84,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934952.1
ATGTCTCCGTACCGGCTGATTTTTGGGAAGCAATGTCATCTACCTGTTGAGATGGAGCATAAAGCCTTTTGGGCCGTGAAGGAATTCTGTTTGGATGAAAAAGTCGTTGGCAAAGAGCGAAAATTTCAACTGCAAGAATTGGAGGAGATTCGATTGGAGGCGTATGACCATGCAAGTCGCTACAAGGAACGAACCAAATTTCTACATGACAAATACATTCGAACGAAATCCTTTGAAGTTAGGCAGAAGGTTCTCTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008049
ATGTCTCCGTACCGGCTGATTTTTGGGAAGCAATGTCATCTACCTGTTGAGATGGAGCATAAAGCCTTTTGGGCCGTGAAGGAATTCTGTTTGGATGAAAAAGTCGTTGGCAAAGAGCGAAAATTTCAACTGCAAGAATTGGAGGAGATTCGATTGGAGGCGTATGACCATGCAAGTCGCTACAAGGAACGAACCAAATTTCTACATGACAAATACATTCGAACGAAATCCTTTGAAGTTAGGCAGAAGGTTCTCTTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790935.1
MSPYRLIFGKQCHLPVEMEHKAFWAVKEFCLDEKVVGKERKFQLQELEEIRLEAYDHASRYKERTKFLHDKYIRTKSFEVRQKVLLFNARLRIMPGKLKSRWLGPFEVVSVSPHGTVEIQSLDTQKCFKVNGQLLKPYYAGVEMELFNALSLTSPTIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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