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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000907

染色体: Chr02 坐标: 15703782-15707926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000907
名称SmilChr02G000907
描述myb family transcription factor PHL7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15703782 - 15707926 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011353
GeneID131011353
locus_tag-
NCBI NameLOC131011353
原始查询SmilChr02G000907

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myb family transcription factor PHL7-like
产物myb family transcription factor PHL7-like
ArabidopsisAT2G01060 (AT2G01060)
myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814630]
identity=67.4; qcov=0.982; evalue=1.22e-117; confidence=high
RiceOs09g0299200 (OsMYBc)
-
identity=61; qcov=1.02; evalue=1.02e-108; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF14379 (Myb_CC_LHEQLE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795127.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057795127.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795127.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795127.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795127.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15707329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr2:15707501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795127.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795128.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795129.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795130.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795131.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795132.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
XP_057795133.1
272 aa
N
1
136
272
Myb_DNA-binding
Myb_CC_LHEQLE
C
PF00249 Myb_DNA-binding 21-72 aa PF14379 Myb_CC_LHEQLE 105-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795127.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795127.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795128.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795128.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795129.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795129.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795130.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795130.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795131.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795131.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795132.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795132.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif
XP_057795133.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 21 72 7.5e-10 39.5 Myb-like DNA-binding domain
XP_057795133.1 Pfam PF14379 Myb_CC_LHEQLE Family 105 151 2.5e-23 82.3 MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939148.1
ATAAACAGGCAAACACAGTACTCCTCCAATCAAATCAAACTTCCAAAGAAAAACCAAAAACAAAAATTTTCGGGGTTTCAGAGCCATAGTCAGCCACTTCCTCTCTTGGCTCATTACTGCTTTATTTTCTGTCTTCCTTCATTTGCCCAATCTCTGAATTCATCTCGCTAATCATCTTTTTTGCATACCAATACCTCAATTTTGTATCATTTTCTTTTCCTTTTGTAAACTCGGGGTATTTTGAATTCCCCAACCCACTG...
XM_057939147.1
ATAAACAGGCAAACACAGTACTCCTCCAATCAAATCAAACTTCCAAAGAAAAACCAAAAACAAAAATTTTCGGGGTTTCAGAGCCATAGTCAGCCACTTCCTCTCTTGGCTCATTACTGCTTTATTTTCTGTCTTCCTTCATTTGCCCAATCTCTGAATTCATCTCGCTAATCATCTTTTTTGCATACCAATACCTCAATTTTGTATCATTTTCTTTTCCTTTTGTAAACTCGGGGTATTTTGAATTCCCCAACCCACTG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131011353
ATGGATTCCATGGGTGGAGGTAACAATGTGACCAGCAATGCCAATTTAGCATCGAAGCATCGGCTTCGTTGGACCCATGAGCTTCATGAGCAATTTGTTGATGCTGTAGCACAACTTGGTGGACCAGATAGGGCTACTCCCAAAGGCGTTCTTAGAGTTATGGGGGTTCAAGGGCTAACAATTTACCATGTAAAAAGCCACTTACAGAAATACCGACTTGCCAACTATCTTCCAGATTCTTCCTCTGATGGGACAAAGGC...
LOC131011353
ATGGATTCCATGGGTGGAGGTAACAATGTGACCAGCAATGCCAATTTAGCATCGAAGCATCGGCTTCGTTGGACCCATGAGCTTCATGAGCAATTTGTTGATGCTGTAGCACAACTTGGTGGACCAGATAGGGCTACTCCCAAAGGCGTTCTTAGAGTTATGGGGGTTCAAGGGCTAACAATTTACCATGTAAAAAGCCACTTACAGAAATACCGACTTGCCAACTATCTTCCAGATTCTTCCTCTGATGGGACAAAGGC...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057795127.1
MDSMGGGNNVTSNANLASKHRLRWTHELHEQFVDAVAQLGGPDRATPKGVLRVMGVQGLTIYHVKSHLQKYRLANYLPDSSSDGTKAEKKESGDMFSGLDSSSGMQITEALKLQMEVQKRLHEQLEVQRQLQLRIEAQGKYLKKIIEEQQRLSGALPEAPVSGVFVPEAEGICPESENKTDPGTPAATSEPPFADKLAKERNPAKSISFDESFSSHNDPQSPDSDCHVSSPLLSPNERPEKKQRGSTDVACTTPEMVLSH...
XP_057795128.1
MDSMGGGNNVTSNANLASKHRLRWTHELHEQFVDAVAQLGGPDRATPKGVLRVMGVQGLTIYHVKSHLQKYRLANYLPDSSSDGTKAEKKESGDMFSGLDSSSGMQITEALKLQMEVQKRLHEQLEVQRQLQLRIEAQGKYLKKIIEEQQRLSGALPEAPVSGVFVPEAEGICPESENKTDPGTPAATSEPPFADKLAKERNPAKSISFDESFSSHNDPQSPDSDCHVSSPLLSPNERPEKKQRGSTDVACTTPEMVLSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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