当前解析结果
SmilChr02G000910| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000910 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000910 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000910 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 15743999 - 15744709 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008051 |
|---|---|
| GeneID | 131008051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008051 |
| 原始查询 | SmilChr02G000910 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0749800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0749800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G07900 (AT5G07900)Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830684] identity=25.9; qcov=0.966; evalue=3.2e-23; confidence=low |
| Rice | Os02g0749800- identity=31.6; qcov=0.873; evalue=2.22e-28; confidence=low |
| GO | GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02536 (mTERF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057790936.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790936.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790936.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790936.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790936.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:15744008 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:15744026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr2:15744088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,C32,C68,D10,D7 |
Chr2:15744094 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | B101,B16,B17,B21,B25,B50,B53,B65,B72,B73,B90,C14,C2,C21,C46,C60,C64,C86,D11 |
Chr2:15744097 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 19 | B101,B16,B17,B21,B25,B50,B53,B65,B72,B73,B90,C14,C2,C21,C46,C60,C64,C86,D11 |
Chr2:15744122 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B77,C22,C26,C56 |
Chr2:15744167 |
C |
CTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A1,A6,B110,B126,B16,B4,B49,B51,B55,B57,B6,B60,B81,B99,C18,C28,C37,C50,C51,C58,C71,C75,C8,C82,C83 |
Chr2:15744168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D11 |
Chr2:15744169 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 24 | A1,A6,B110,B16,B4,B49,B51,B55,B57,B6,B60,B81,B99,C18,C28,C37,C50,C51,C58,C71,C75,C8,C82,C83 |
Chr2:15744226 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 31 | A2,B101,B104,B118,B129,B131,B132,B15,B18,B22,B3,B35,B36,B42,B45,B49,B57,B60,B64,B67,B70,B97,C1,C23,C41,C44,C56,C67,C76,C87,D8 |
Chr2:15744254 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr2:15744402 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A18,A2,B122,B127,B129,B18,B20,B22,B3,B35,B50,B67,B69,B70,B71,B89,B90,B94,C23,C29,C49,C54,C56,C6,C64,C67,C76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790936.1PF02536
mTERF 5-81 aa
PF02536
mTERF 105-211 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790936.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 5 | 81 | 2.1e-26 | 93.3 | mTERF |
XP_057790936.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 105 | 211 | 2.1e-26 | 93.3 | mTERF |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。