Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000920`

染色体: Chr02 坐标: 15980740-15986851 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000920`
名称	SmilChr02G000920
描述	receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	15980740 - 15986851 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008055`
GeneID	`131008055`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008055`
原始查询	`SmilChr02G000920`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor kinase-like protein Xa21
产物	receptor kinase-like protein Xa21
Arabidopsis	`AT3G53240` (RLP45) receptor like protein 45 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824491] identity=48.5; qcov=0.473; evalue=1.45e-22; confidence=medium
Rice	`Os11g0692500` - identity=48.5; qcov=0.502; evalue=2.18e-24; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057790940.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790940.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790940.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790940.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790940.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:15981034`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B115,C51
`Chr2:15981034`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B115,C51
`Chr2:15986771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790940.1

205 aa

102

205

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF00560 LRR_1 12-34 aa PF13855 LRR_8 12-71 aa PF00560 LRR_1 36-58 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 94-183 aa PF00069 Pkinase 102-189 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790940.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	12	34	3.2e-10	38.8	Leucine Rich Repeat
`XP_057790940.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	12	71	8.5e-07	29.4	Leucine rich repeat
`XP_057790940.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	36	58	3.2e-10	38.8	Leucine Rich Repeat
`XP_057790940.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	94	183	1e-05	25.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057790940.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	102	189	2e-10	41.3	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934957.1
ATGTCTATCCCAAGCACGATTGGTAATTTGCAGAATTTGGTTAGTCTATCTTTGGCACGTAATGGACTTGAAGGTTCAATTCCAGTGTCCATTGAGAACATGATTAGCTTGGTTACTCTTGATTTCTCCTACAATAACATTTCTGGTTCAGTGCCAAAATCTTTGCAAGCACTTCAATACCTCATCTACTTCAATGTTTCTTTCAACGCTCTAAGTGGAGAAATTCCCAGTGGTGGTCCTTTTGTGAACTTCACAATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008055
ATGTCTATCCCAAGCACGATTGGTAATTTGCAGAATTTGGTTAGTCTATCTTTGGCACGTAATGGACTTGAAGGTTCAATTCCAGTGTCCATTGAGAACATGATTAGCTTGGTTACTCTTGATTTCTCCTACAATAACATTTCTGGTTCAGTGCCAAAATCTTTGCAAGCACTTCAATACCTCATCTACTTCAATGTTTCTTTCAACGCTCTAAGTGGAGAAATTCCCAGTGGTGGTCCTTTTGTGAACTTCACAATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790940.1
MSIPSTIGNLQNLVSLSLARNGLEGSIPVSIENMISLVTLDFSYNNISGSVPKSLQALQYLIYFNVSFNALSGEIPSGGPFVNFTMESFIGNEALCGIPRLNIMIDVAMALGYLHLGYSTPTVHCLKPSNILLDEEMVAHVSDFGVSKLLGNEESIVLTNTLATLGYNAPDDLNEDDCTGWADNSSTDCIEITETATLAALRKLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器