Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000921`

染色体: Chr02 坐标: 16001701-16011013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000921`
名称	SmilChr02G000921
描述	snRNA-activating protein complex subunit-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	16001701 - 16011013 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011360`
GeneID	`131011360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011360`
原始查询	`SmilChr02G000921`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	snRNA-activating protein complex subunit-like
产物	snRNA-activating protein complex subunit-like
Arabidopsis	`AT1G28560` (SRD2) snRNA activating complex family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839756] identity=48; qcov=1; evalue=2.27e-137; confidence=high
Rice	`Os01g0912600` - identity=55.2; qcov=0.594; evalue=2.65e-102; confidence=medium
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0001006 (RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding); GO:0001046 (core promoter sequence-specific DNA binding); GO:0003681 (bent DNA binding); GO:0019185 (snRNA-activating protein complex); GO:0042795 (snRNA transcription by RNA polymerase II); GO:0042796 (snRNA transcription by RNA polymerase III)
KEGG	-
Pfam	PF12251 (SNAPC3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795139.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057795139.1`
3	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057795139.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057795139.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795139.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:16003894`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A10,A25,B4,B52,B58,B64,B88,C40,C65,D8
`Chr2:16003941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr2:16004890`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A10,A25,B25,B4,B52,B58,B64,B71,B88,C40,C65,D8
`Chr2:16005008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:16008088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795139.1

452 aa

226

452

SNAPC3

PF12251 SNAPC3 232-449 aa

XP_057795140.1

451 aa

226

451

SNAPC3

PF12251 SNAPC3 231-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795139.1`	Pfam	`PF12251`	SNAPC3	Family	232	449	2.9e-68	230.2	snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3
`XP_057795140.1`	Pfam	`PF12251`	SNAPC3	Family	231	448	2.9e-68	230.2	snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939156.1
CAATTTCTTTCTTCCCTCTGCTCTCTAGTCTCTACAGCTTCTCTCCTTCCCCCTCCATTCTATCTTCTATCTTTCCCCAATTCCTCAAATTAAAGCTACCTAGGGTTCTCTCTAAATTTCCCTCCTTCAATTCCACTTCTCCGGTGAGCTCTGCCGCCGCCGCCGCCGTCTCCGTTGCACCACCACTCTCTCTTCGTCCCAGATAGCCCTTGCCTTGGCCGCCTCCATCGCCTCGCCGCCGTTGCAAACCCTTCTCCCAG...

XM_057939157.1
ATTTCTTTCTTCCCTCTGCTCTCTAGTCTCTACAGCTTCTCTCCTTCCCCCTCCATTCTATCTTCTATCTTTCCCCAATTCCTCAAATTAAAGCTACCTAGGGTTCTCTCTAAATTTCCCTCCTTCAATTCCACTTCTCCGGTGAGCTCTGCCGCCGCCGCCGCCGTCTCCGTTGCACCACCACTCTCTCTTCGTCCCAGATAGCCCTTGCCTTGGCCGCCTCCATCGCCTCGCCGCCGTTGCAAACCCTTCTCCCAGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131011360
ATGGTGGGTCACGATGAGGGTGGTGAAGACCTCTATGTCTCAATTCCGCTTGGTGGTCCAATTTATGTCCCTGATCTCGTTGGTCCGCTCACAAGAGTCCCACACTTTGAAATTAGTGTCATTCAAGAACTTGAGAGTTTGAAAGAAGAGGTATATGGAGACACGGCACATGACTGTGATGAAGATACGTCGGTTGATGAACTCAAAATAATTCAGGAGGACGAGTTAGTCAATAAAGCATTTGAAGAAGCTTTCAAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057795139.1
MVGHDEGGEDLYVSIPLGGPIYVPDLVGPLTRVPHFEISVIQELESLKEEVYGDTAHDCDEDTSVDELKIIQEDELVNKAFEEAFKVDELAIGNPHVSEERLSPRLEEDKKAIVLSKSNKNQPGKRKKRKGDSKKNNSLDESYIVKVEQLARIKSKQEEDKACVRLHSFSNSMMPGHGVNAKADKIRPLKSGSVTKKQVKASSTGSDVPVQFPEAILSFEVYHNKKTSLKTQEFLVLGRQFLTEVKDKIYCLTDEIMEKA...

XP_057795140.1
MVGHDEGGEDLYVSIPLGGPIYVPDLVGPLTRVPHFEISVIQELESLKEEVYGDTAHDCDEDTSVDELKIIQEDELVNKAFEEAFKVDELAIGNPHVSEERLSPRLEEDKKAIVLSKSNKNQPGKRKKRKGDSKKNNSLDESYIVKVEQLARIKSKQEEDKACVRLHSFSNSMMPGHGVNAKADKIRPLKSGSVTKKVKASSTGSDVPVQFPEAILSFEVYHNKKTSLKTQEFLVLGRQFLTEVKDKIYCLTDEIMEKAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器