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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000931

染色体: Chr02 坐标: 16234971-16238879 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000931
名称SmilChr02G000931
描述serine/threonine-protein kinase D6PKL1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16234971 - 16238879 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011367
GeneID131011367
locus_tag-
NCBI NameLOC131011367
原始查询SmilChr02G000931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase D6PKL1-like
产物serine/threonine-protein kinase D6PKL1-like
ArabidopsisAT5G47750 (D6PKL2)
D6 protein kinase like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834826]
identity=81.4; qcov=0.843; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0258500
-
identity=72.7; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795153.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795153.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795153.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795153.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795153.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16236258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:16236362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B61
Chr2:16236666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B135,B49,B93,C5
Chr2:16236714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16236730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B135
Chr2:16236840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:16237807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:16237930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B4,C27,C44,D3
Chr2:16237948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:16238095 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr2:16238095 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr2:16238105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795153.1
593 aa
N
1
296
593
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 204-353 aa PF00069 Pkinase 204-357 aa PF00069 Pkinase 437-540 aa
XP_057795154.1
593 aa
N
1
296
593
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 204-353 aa PF00069 Pkinase 204-357 aa PF00069 Pkinase 437-540 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795153.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 204 353 3.3e-25 89.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795153.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 204 357 4.5e-59 200.7 Protein kinase domain
XP_057795153.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 437 540 4.5e-59 200.7 Protein kinase domain
XP_057795154.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 204 353 3.3e-25 89.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795154.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 204 357 4.5e-59 200.7 Protein kinase domain
XP_057795154.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 437 540 4.5e-59 200.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939170.1
GTCACATTCTCTGTAAGACCCTTTATTTGTGTCAATAATAGGTAGGGCTAAAAAAATATTTAATTTCATTAAATATTTTTTCCACCTTCCTGCTCCACTTGTTAGTTGTCACAGCTTACAGGTACAAAAAAACCAACCACCCGAAACAAAGCCCATGGAGATGGAGCTTTTGCATTTTCTTTCTTTCTTGATTTCTCCACTGCCATAGCTAATTTCTATATACTTGTGCTGAGTTTCGCAAATCTTACTTGCTTCTCTTT...
XM_057939171.1
CATTAAATATTTTTTCCACCTTCCTGCTCCACTTGTTAGTTGTCACAGCTTACAGGTACAAAAAAACCAACCACCCGAAACAAAGCCCATGGAGATGGAGCTTTTGCATTTTCTTTCTTTCTTGATTTCTCCACTGCCATAGCTAATTTCTATATACTTGTGCTGAGTTTCGCAAATCTTACTTGCTTCTCTTTCCAACTTGTGTTTCTCTCTCTATGGACTGCTCAAGATTCGGTTGTGGTCTGTTAGAGTTGACGAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011367
ATGGCCTCGAAAAGTGGCTCTAGAGCTCCGGTGAGTTTGCAACAAAGAGTTGTTAGTACTCAGCATGCGACAAAGGCAAATGATCTCATATCTACTAACAAGCCCAAGCTGATTAATCCTGAGCAATTCGGCGAACCTGATAACGCGTGTCTTCTGTTGTCTAAAGAAGATGCTGAGTCCAACAAATCTCCAATTAGTAAAAAAAATTCTTTAAACGTTTCTGATACGTCAGAGACCAATATTTCTTTCTCTGGGTCTGA...
LOC131011367
ATGGCCTCGAAAAGTGGCTCTAGAGCTCCGGTGAGTTTGCAACAAAGAGTTGTTAGTACTCAGCATGCGACAAAGGCAAATGATCTCATATCTACTAACAAGCCCAAGCTGATTAATCCTGAGCAATTCGGCGAACCTGATAACGCGTGTCTTCTGTTGTCTAAAGAAGATGCTGAGTCCAACAAATCTCCAATTAGTAAAAAAAATTCTTTAAACGTTTCTGATACGTCAGAGACCAATATTTCTTTCTCTGGGTCTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795153.1
MASKSGSRAPVSLQQRVVSTQHATKANDLISTNKPKLINPEQFGEPDNACLLLSKEDAESNKSPISKKNSLNVSDTSETNISFSGSERASKTQDLELTDIRSSLETSIDQGKKSSGLGSVKVSDGTNSLEKTSGSTKVSERGEFVESGKSSMCRGSTSSDVSDESTCSSFSSSINKPHKANDVRWEAIQAVRCRDGALGLSHFRLLKRLGCGDIGSVYLAELSGTKCYFAMKVMDKASLASRKKLVRAQTEREILQSLDH...
XP_057795154.1
MASKSGSRAPVSLQQRVVSTQHATKANDLISTNKPKLINPEQFGEPDNACLLLSKEDAESNKSPISKKNSLNVSDTSETNISFSGSERASKTQDLELTDIRSSLETSIDQGKKSSGLGSVKVSDGTNSLEKTSGSTKVSERGEFVESGKSSMCRGSTSSDVSDESTCSSFSSSINKPHKANDVRWEAIQAVRCRDGALGLSHFRLLKRLGCGDIGSVYLAELSGTKCYFAMKVMDKASLASRKKLVRAQTEREILQSLDH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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