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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000941

染色体: Chr02 坐标: 16404457-16405567 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000941
名称SmilChr02G000941
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16404457 - 16405567 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011377
GeneID131011377
locus_tag-
NCBI NameLOC131011377
原始查询SmilChr02G000941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7
产物receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-7
ArabidopsisAT1G65790 (RK1)
receptor kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842890]
identity=51.1; qcov=1.03; evalue=5.64e-55; confidence=high
RiceOs11g0681400 (OsRLCK352)
-
identity=49.5; qcov=1.01; evalue=6.88e-56; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795161.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795161.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795161.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795161.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795161.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16404663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16404677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,C38,C51,C56,C81
Chr2:16404678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16404682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16404693 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 10 A5,B120,B135,B21,C3,C31,C37,C46,D3,D7
Chr2:16404710 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C60
Chr2:16404710 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 C60
Chr2:16404720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16404734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,C38,C51,C56,C81
Chr2:16404737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr2:16404779 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 11 B13,B17,B21,B30,B36,B45,B8,C33,C43,C55,C71
Chr2:16404804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B51,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795161.1
182 aa
N
1
91
182
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 3-64 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 4-65 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795161.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 3 64 8e-11 42.6 Protein kinase domain
XP_057795161.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 4 65 1.8e-13 51.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939178.1
TGTGATCTTCTCACATTAAAATCTTAAAAATTGCATTGCAAAAGATTAACTAAATTTGTTATGATTTGAATGCAGACAACAGCAAGAAAGAAATTCTAGACTGGAAGAAACGCGTTCATATAATTTCAGGCATTGCTCAAGGGCTTCTGTATCTCCACCAATATTCGCGGCTTGAGAAGTAGTTCACAGGGATTTGAAAGCTAGCAATATCCTACTAGATGCTGACATGAATCCCAAAATATCTGATTTTGGCATGGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011377
ATGAATCCCAAAATATCTGATTTTGGCATGGCAAGAATATTTGGAGGGAAGGACTCTCAAGCAAATACTAAACGGATTGTTGGAACTTATGGTTATATGTCACCAGAATATGCCATGGAAGGAGTTTTCTCAATGAAGTCTGATGTGTTTGCATTTGGAGTGTTGATGCTCGAGATTATCAGTGGCAAGAAGAATACCGGTTTGTACGGTTCTGATTATCTTAGTCTTCTTAGATATGCGTGGAATTTATGGAAGAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795161.1
MNPKISDFGMARIFGGKDSQANTKRIVGTYGYMSPEYAMEGVFSMKSDVFAFGVLMLEIISGKKNTGLYGSDYLSLLRYAWNLWKSDCVDDLIDPILEVSNGSLSIAIRYIQISLLCVEENPADRPLICDVVGMLNNEKRGIESPRNPALTIGRALIKATPTQQEVKICSMNGLTMSHVEAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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