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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000946

染色体: Chr02 坐标: 16481676-16483898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000946
名称SmilChr02G000946
描述pumilio homolog 4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16481676 - 16483898 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011383
GeneID131011383
locus_tag-
NCBI NameLOC131011383
原始查询SmilChr02G000946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pumilio homolog 4-like
产物pumilio homolog 4-like
ArabidopsisAT3G10360 (PUM4)
pumilio 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820198]
identity=82.1; qcov=0.991; evalue=8.68e-59; confidence=high
RiceOs01g0844800
-
identity=84.6; qcov=0.92; evalue=2.91e-58; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010608 (post-transcriptional regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00806 (PUF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011383

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795164.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057795164.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795164.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795164.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16483313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B76,B98
Chr2:16483392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr2:16483402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795164.1
113 aa
N
1
56
113
PUF
PUF
C
PF00806 PUF 1-31 aa PF00806 PUF 43-72 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795164.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 1 31 8.5e-19 67.6 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057795164.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 43 72 8.5e-19 67.6 Pumilio-family RNA binding repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939181.1
ATATTAAAAAAGCAATTATGCATTCACTTATATCATTAAATAATTAACGAAAAATAGAAAAAAAATAAAGGGCACAAAAATTAACTTCAGAGAATGAATGAAATCAAATCACCAATTTCTCATTTGCTTTGGTGATTGAAATTCATGATCTTCTCGAAATTGCAAAAATAATGTGATTCACTGTCTTTGCGAGATCAAGTTCAAGTGGAATGAAATCAAATCACCAATTTCTCATTTAACAAATTGCGGGATTCACTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011383
ATGAGTCAGCAGAAATTCGCCTCTAACATCGTTGAGAAATGCTTGACTTTTGGTGGCCCGGAGGAGCGGAAGCTCTTGGTGAACGAGATACTCGGTTCAACAGAAGAGAACGAGCTGTTGCAGGCTATGATGAAAGATCCCTTCGGAAACTACGTCGTGCAGAAGGTGCTTGAGACATGTGATGACAAGAGTCGCGAACTCATCCTCTCCCGCATCAAGGTCCACTTGAGTGCACTCAAGAGGTACACTTACGGCAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795164.1
MSQQKFASNIVEKCLTFGGPEERKLLVNEILGSTEENELLQAMMKDPFGNYVVQKVLETCDDKSRELILSRIKVHLSALKRYTYGKHIVSRVEKLVAAGERHIGQSSSSKQNI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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