当前解析结果
SmilChr02G000950| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000950 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000950 |
| 描述 | nonsense-mediated mRNA decay protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 16514851 - 16515779 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011388 |
|---|---|
| GeneID | 131011388 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011388 |
| 原始查询 | SmilChr02G000950 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nonsense-mediated mRNA decay protein 2-like |
| 产物 | nonsense-mediated mRNA decay protein 2-like |
| Arabidopsis | AT3G13130 (AT3G13130)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820501] identity=33; qcov=1.02; evalue=1.78e-17; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011388 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057795179.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057795179.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057795179.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795179.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795179.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:16515081 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B41,B61 |
Chr2:16515081 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B41,B61 |
Chr2:16515230 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:16515366 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr2:16515423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B100,B2 |
Chr2:16515491 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C37 |
Chr2:16515491 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr2:16515534 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。