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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000964

染色体: Chr02 坐标: 16829226-16854408 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000964
名称SmilChr02G000964
描述uncharacterized SmilChr02G000964
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16829226 - 16854408 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011397
GeneID131011397
locus_tag-
NCBI NameLOC131011397
原始查询SmilChr02G000964

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G05270 (AT1G05270)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]
identity=43.3; qcov=0.533; evalue=5.39e-23; confidence=medium
RiceOs05g0499500
-
identity=53.3; qcov=0.333; evalue=1.38e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF01963 (TraB_PrgY_gumN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011397

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795188.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057795188.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057795191.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795188.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795188.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16829411 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B28,C36
Chr2:16829411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C36
Chr2:16829415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:16829535 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr2:16829535 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr2:16829538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:16829544 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A18,A2,A22,A9,B104,B115,B5,B65,B73,C13,C31,C79,D11
Chr2:16829576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B30
Chr2:16829635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B42,B66,C24
Chr2:16829636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr2:16829774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B73,C22,D6
Chr2:16829778 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795188.1
255 aa
N
1
128
255
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 136-231 aa
XP_057795190.1
255 aa
N
1
128
255
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 136-231 aa
XP_057795191.1
225 aa
N
1
112
225
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 148-201 aa
XP_057795192.1
225 aa
N
1
112
225
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 148-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795188.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 136 231 4.5e-13 50.4 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795190.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 136 231 1.3e-14 55.4 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795191.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 148 201 6.9e-13 49.7 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795192.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 148 201 2.1e-14 54.7 TraB/PrgY/gumN family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939209.1
TAAATCGGACAGGAGATGTCCATATTATACCGTCTCAAATTCTTCGCCGCTGCCGCATCCACCACTTATCTGGCACGAAGCGACGAGAGTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTACGGAGCTCTCCACGAATGTGGCGATGCTAACGTGCGACTCAGCCGCAAACGGCGGCGTATGCCATGTGTATTTGGTCGGAACCACGCACTTTTGTCCGGAATCTTGTCGACAAGTTCGGGATGTGATACAATTCTTGAAACCACAGGT...
XM_057939207.1
TAAATCGGACAGGAGATGTCCATATTATACCGTCTCAAATTCTTCGCCGCTGCCGCATCCACCACTTATCTGGCACGAAGCGACGAGAGTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTACGGAGCTCTCCACGAATGTGGCGATGCTAACGTGCGACTCAGCCGCAAACGGCGGCGTATGCCATGTGTATTTGGTCGGAACCACGCACTTTTGTCCGGAATCTTGTCGACAAGTTCGGGATGTGATACAATTCTTGAAACCACAGGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011397
ATGTCCATATTATACCGTCTCAAATTCTTCGCCGCTGCCGCATCCACCACTTATCTGGCACGAAGCGACGAGAGTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTACGGAGCTCTCCACGAATGTGGCGATGCTAACGTGCGACTCAGCCGCAAACGGCGGCGTATGCCATGTGTATTTGGTCGGAACCACGCACTTTTGTCCGGAATCTTGTCGACAAGTTCGGGATGTGATACAATTCTTGAAACCACAGGTTGTTTTCTTGGAATT...
LOC131011397
ATGTCCATATTATACCGTCTCAAATTCTTCGCCGCTGCCGCATCCACCACTTATCTGGCACGAAGCGACGAGAGTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTACGGAGCTCTCCACGAATGTGGCGATGCTAACGTGCGACTCAGCCGCAAACGGCGGCGTATGCCATGTGTATTTGGTCGGAACCACGCACTTTTGTCCGGAATCTTGTCGACAAGTTCGGGATGTGATACAATTCTTGAAACCACAGGTTGTTTTCTTGGAATT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795188.1
MSILYRFKLFAAAASTTYLARSDESYKRETLPTELSTNVVMLTCESAAHGGVCDVYLVGTKHGYPESCRQVRDVIQFLKPHVVFLELCARRSGILTPVKNNGRISEFHVAYQEAMKYGANVILGDRPIEITLGRVPVMATLGEMVSCLILRPLDTHATFLDIEKEELNDVDSVNRVILGLEKMVPSYVEIVVHERDRYMSTNLLKVASKHNSVVAVVGMGHLQGIQKNWKQPVDMEQLLQERGFAASVLRFINFR
XP_057795190.1
MSILYRLKFFAAAASTTYLARSDESYKRKTLPTELSTNVAMLTCDSAANGGVCHVYLVGTTHFCPESCRQVRDVIQFLKPQVVFLELCARRSGILTPVKNNGRISEFHVAYQEAMKYGANVILGDRPIEITLGRVPVMATLGEMVSCLILRPLDTHATFLDIEKEELNDVDSVNRVILGLEKMVPSYVEIVVHERDRYMSTNLLKVASKHNSVVAVVGMGHLQGIQKNWKQPVDMEQLLQERGFAASVLRFINFR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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