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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000968

染色体: Chr02 坐标: 16910989-16917674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000968
名称SmilChr02G000968
描述uncharacterized SmilChr02G000968
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16910989 - 16917674 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011400
GeneID131011400
locus_tag-
NCBI NameLOC131011400
原始查询SmilChr02G000968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=low
产物TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G05270 (AT1G05270)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]
identity=34; qcov=1.09; evalue=1.69e-41; confidence=low
RiceOs05g0499500
-
identity=33.9; qcov=1.09; evalue=4.65e-35; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF01963 (TraB_PrgY_gumN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057795194.1
2 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057795194.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057795197.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795194.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795194.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16911235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,B83,D8
Chr2:16911438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,B83,C28,C74,D8
Chr2:16911455 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B51,B95
Chr2:16911455 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B51,B95
Chr2:16911460 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B51,B95
Chr2:16911460 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B51,B95
Chr2:16911463 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B51,B95
Chr2:16911463 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B51,B95
Chr2:16911471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B136,B55,B64
Chr2:16911473 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 40 A16,A20,A3,B101,B109,B11,B126,B127,B131,B139,B14,B2,B23,B24,B32,B33,B40,B45,B46,B57,B67,B77,B79,B80,B88,B91,B95,C15,C17,C27,C3,C30,C36,C51,C77,C78,C83,D4,D5,D6
Chr2:16911667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,C15,C49,D3
Chr2:16912516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795194.1
288 aa
N
1
144
288
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 194-257 aa
XP_057795195.1
270 aa
N
1
135
270
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 176-239 aa
XP_057795196.1
256 aa
N
1
128
256
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 168-225 aa
XP_057795197.1
238 aa
N
1
119
238
TraB_PrgY_gumN
C
PF01963 TraB_PrgY_gumN 150-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795194.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 194 257 8.6e-18 65.8 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795195.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 176 239 1.4e-14 55.3 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795196.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 168 225 1.9e-17 64.7 TraB/PrgY/gumN family
XP_057795197.1 Pfam PF01963 TraB_PrgY_gumN Family 150 207 3.1e-14 54.2 TraB/PrgY/gumN family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939213.1
GCAGCCAAACCAGAGTTTCCGTGTACAACACACTCAACAAATTAATTAGTTTATATACTCCTCAGTAAACAATTTGTTCGTTTAATAAACCCTAAACCACACTCCTTCCAAAGATGTTGGGATTAAACCGTCTCAACTCAGCCGATCGCCTCGCCGCTCTCTTCGTCGCCGCCGCCGCCACCTATCTGATACGAACCGTTAGGAGTCGCAACACTTGTACGAGGAAAAGGCTGCCGCCGGAGCTCGTGACGATGACCACG...
XM_057939214.1
GCAGCCAAACCAGAGTTTCCGTGTACAACACACTCAACAAATTAATTAGTTTATATACTCCTCAGTAAACAATTTGTTCGTTTAATAAACCCTAAACCACACTCCTTCCAAAGATGTTGGGATTAAACCGTCTCAACTCAGCCGATCGCCTCGCCGCTCTCTTCGTCGCCGCCGCCGCCACCTATCTGATACGAACCGTTAGGAGTCGCAACACTTGTACGAGGAAAAGGCTGCCGCCGGAGCTCGTGACGATGACCACG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011400
ATGTTGGGATTAAACCGTCTCAACTCAGCCGATCGCCTCGCCGCTCTCTTCGTCGCCGCCGCCGCCACCTATCTGATACGAACCGTTAGGAGTCGCAACACTTGTACGAGGAAAAGGCTGCCGCCGGAGCTCGTGACGATGACCACGTACGCGCACGGCGGCGTATGCGATGTGGTTAGCAACACTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTGCGGAGCTCTCGATGAATGTGCCGATTCTCACGTGCGAGTCAGCCGCAAACGG...
LOC131011400
ATGTTGGGATTAAACCGTCTCAACTCAGCCGATCGCCTCGCCGCTCTCTTCGTCGCCGCCGCCGCCACCTATCTGATACGAACCGTTAGGAGTCGCAACACTTGTACGAGGAAAAGGCTGCCGCCGGAGCTCGTGACGATGACCACGTACGCGCACGGCGGCGTATGCGATGTGGTTAGCAACACTTATAAGCGGAAAACGCTGCCTGCGGAGCTCTCGATGAATGTGCCGATTCTCACGTGCGAGTCAGCCGCAAACGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795194.1
MLGLNRLNSADRLAALFVAAAATYLIRTVRSRNTCTRKRLPPELVTMTTYAHGGVCDVVSNTYKRKTLPAELSMNVPILTCESAANGGVCDVYLVGTTHFCPESCRRVRDVIRFLKPQVVFMELCPKRIGLLTPDKNNGKITEFQVAYEEAMEYGAKIILGDRPYEITCKRIRVMAFLWDIIRCFLGTFPTDEDALKTMGEKNDQMDKMFPTLMETLLHERDRYMSTNLLEVASKHNSVVIVVGEAHLQGIQKNWKQHVD...
XP_057795195.1
MLGLNRLNSADRLAALFVAAAATYLIRTVRSRNTCTRKRLPPELVTMTTYAHGGVCDVVSNTYKRKTLPAELSMNVPILTCESAANGGVCDVYLVGTTHFCPESCRRVRDVIRFLKPQNNGKITEFQVAYEEAMEYGAKIILGDRPYEITCKRIRVMAFLWDIIRCFLGTFPTDEDALKTMGEKNDQMDKMFPTLMETLLHERDRYMSTNLLEVASKHNSVVIVVGEAHLQGIQKNWKQHVDMKELLHVPRFGGFVGEVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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