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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000970

染色体: Chr02 坐标: 16971727-16973227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000970
名称SmilChr02G000970
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向16971727 - 16973227 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011403
GeneID131011403
locus_tag-
NCBI NameLOC131011403
原始查询SmilChr02G000970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
产物pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
ArabidopsisAT4G16380 (AT4G16380)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745712]
identity=70.3; qcov=0.279; evalue=3.77e-29; confidence=weak
RiceOs03g0412300
-
identity=37.2; qcov=0.294; evalue=1.08e-10; confidence=weak
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795201.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057795201.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057795201.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795201.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:16972026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:16972105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:16972174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B136,B49,B55
Chr2:16972213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:16972387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B110,B140,B18,C10
Chr2:16972394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:16972624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939218.1
GAATATTAAGGTGAGTTGTGGCTATCGGTGCCAGCACATGCAAACACAGAGTAAAGAGTCAGCAATATAGGCCCCTTTCCTTTTTCTCTCTCTAGTAGGAGAGATAAAGTTTGTATGTTTGATGAATTAGGACGTCACTTTTCAATCTCTTTACATACTGCCCACTTTCTACTCCTCTTCCTTCCGAAGCCACCCCTTCTCTTCTCTCTCTCTCTACAACTCTCTCTCAACTCATCGCTCACTCATGGCAACTGAAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011403
ATGGCAACTGAAAAGGTCACTCTAATGATACTAACGGCTGATCTCCAATGTCCCAGCTGCTACAAGAAGATCAGAAAAACTCTTTGTAAATTTCCCCAAATTCGAGACCAAGTGTATGATGAGAAGAAGAACGAAGTGAAAGTGACGGTGGTGTGCTGTAGCCCGGAAAAGATTCGTGACAAATTGTGCTGCAAGGGTGGCAAATCCATCAAAACCATCAAGATTGTAGAGCTCAAGCCCGCCGATAAGCCCAAAGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795201.1
MATEKVTLMILTADLQCPSCYKKIRKTLCKFPQIRDQVYDEKKNEVKVTVVCCSPEKIRDKLCCKGGKSIKTIKIVELKPADKPKEPEMHKPAPKPEKPKEHPKGPEKPKGDDKPKAAGPPAEKPKGDDKPKAAGPPAEKPKGDDKPKAAAPPAEKPKEAPKPESAAMPPAAMQMLGPGPALVHGVPSVFPYSGPSHDAYPPGPYYHGYGFPPPSQPIYDGYYGHGHGHGHGCGYGYGYGGIAQHAHVNRDNYFSDENPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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