当前解析结果
SmilChr02G000984| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000984 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000984 |
| 描述 | peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing]-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 17319604 - 17322487 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011412 |
|---|---|
| GeneID | 131011412 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011412 |
| 原始查询 | SmilChr02G000984 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing]-like |
| 产物 | peroxisomal 2%2C4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing]-like |
| Arabidopsis | AT3G12800 (SDRB)short-chain dehydrogenase-reductase B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820462] identity=72.5; qcov=0.964; evalue=7.58e-143; confidence=high |
| Rice | Os04g0614000- identity=66.3; qcov=0.961; evalue=9.62e-147; confidence=high |
| GO | GO:0008670 (2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity); GO:0009062 (fatty acid catabolic process) |
| KEGG | smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00106 (adh_short); PF08659 (KR); PF13561 (adh_short_C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011412 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 1.00000 | XP_057795206.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795206.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795206.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795206.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795206.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:17322055 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B76 |
Chr2:17322055 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr2:17322286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,C32,C68 |
Chr2:17322388 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795206.1PF00106
adh_short 29-222 aa
PF08659
KR 31-202 aa
PF13561
adh_short_C2 38-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795206.1 |
Pfam | PF00106 |
adh_short | Domain | 29 | 222 | 2.2e-41 | 142.2 | short chain dehydrogenase |
XP_057795206.1 |
Pfam | PF08659 |
KR | Family | 31 | 202 | 5.6e-08 | 33.6 | KR domain |
XP_057795206.1 |
Pfam | PF13561 |
adh_short_C2 | Domain | 38 | 273 | 3.9e-48 | 164.8 | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。