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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001001`

染色体: Chr02 坐标: 17633056-17639945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001001`
名称	SmilChr02G001001
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	17633056 - 17639945 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011430`
GeneID	`131011430`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011430`
原始查询	`SmilChr02G001001`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	poly(A)-specific ribonuclease PARN
产物	poly(A)-specific ribonuclease PARN
Arabidopsis	`AT1G55870` (AHG2) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842037] identity=54.3; qcov=0.882; evalue=3.07e-170; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04857 (CAF1); PF28940 (RRM_PARN_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795218.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795218.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057795217.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057795217.1`
5	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057795218.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:17633179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B117,C23
`Chr2:17633404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr2:17633560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C55
`Chr2:17633942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:17636073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B136,B55
`Chr2:17636879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr2:17638242`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr2:17638259`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B100
`Chr2:17638259`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B100
`Chr2:17639573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B117,C1,C23,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795217.1

716 aa

358

716

CAF1

RRM_PARN_C

PF04857 CAF1 38-468 aa PF28940 RRM_PARN_C 536-649 aa

XP_057795218.1

516 aa

258

516

CAF1

RRM_PARN_C

PF04857 CAF1 81-268 aa PF28940 RRM_PARN_C 336-449 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795217.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	38	468	1.4e-98	330.8	CAF1 family ribonuclease
`XP_057795217.1`	Pfam	`PF28940`	RRM_PARN_C	Domain	536	649	1.6e-51	174.1	Poly(A)-specific ribonuclease PARN, RNA-recognition domain
`XP_057795218.1`	Pfam	`PF04857`	CAF1	Family	81	268	4.8e-41	141.8	CAF1 family ribonuclease
`XP_057795218.1`	Pfam	`PF28940`	RRM_PARN_C	Domain	336	449	9.5e-52	174.8	Poly(A)-specific ribonuclease PARN, RNA-recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939234.1
CCAGTATTTTGGTTGCAGAATATGAAGAAAAAAAAAAGTAAAGAACAAAAATTTGGCACGACAACTATACACAAAATCACCATCTTCACACTATTAATTTGGCACGACAACGAATGCACATAATCACCATCTTCACTTGGAAGCCGATGACAATACTGTGAGATAGAAGCCCTAAAATGAGCTGAGAATGAGAAAGAACTACCTGGTTCGGGTCCTAACCCGGCTCAATGCCCGAACCTCACAGCCCCTACGTTTCCTCT...

XM_057939235.1
GCACAACTTCTATGTATTTCCTCGGCAGGAAATTGCGGGTGATGGTTTCTCATATGAGTTCTTATGCCAGACAAGCTCATTAGAATTCTTGGCGAGATACCAGTTTGATTTCAACACTTGCATCAACGAAGAAGCCAAGAGGAGGAAGCACTGAAATGTTTAGATTCAGTATACAAGGATGATGTCCTGGATGTATCTTCCAACTTAGGAAATGGTTCGGATATGCAGCTGGTTAGGATGGCAGATATTCTGTTTGCTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131011430
ATGAGAAAGAACTACCTGGTTCGGGTCCTAACCCGGCTCAATGCCCGAACCTCACAGCCCCTACGTTTCCTCTGCTCCGCGCCTTCGGCTGCCGGCGTAGAGCTGAAGAATGTGACCAAGTCCAATTTCGAACCCGCGCTGACAGAGCTGCGGCGCCACGTGAGGGAAGCAGACTTCGTCTCCATCGACTTGGAGATGACGGGGATCACCAGCGCGCCCTGGCGCGAATGCTTTGAATTCGACCGCCCTGATATCCAGTA...

LOC131011430
ATGCAGCTGGTTAGGATGGCAGATATTCTGTTTGCTGAGAGAATGAAAAATGTAGTTGGTGAGTGGCGTGCTGGATTGTTACGGGGTGTAAATTGCGGATCAGAATCTCCAGGAAGTTTAAATGACACGAATCAGAAATTTCAGACTACTTTCTTCCAGACACGCCCTGCCCTTGCAGTTAATGGCTTGACTTCTCGCCAGCTAAAGCTAATTAAGTTGGTGACTGAAAAGCATTTCAACGATCTTACTTATGTTCATGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057795217.1
MRKNYLVRVLTRLNARTSQPLRFLCSAPSAAGVELKNVTKSNFEPALTELRRHVREADFVSIDLEMTGITSAPWRECFEFDRPDIQYLKVKDSAQKFAVVQFGVCPFRWDQHSTSFVAHPHNFYVFPRQEIAGDGFSYEFLCQTSSLEFLARYQFDFNTCINEGISYLSRSQEEEALKCLDSVYKDDVLDVSSNLGNGSDMQLVRMADILFAERMKNVVGEWRAGLLRGVNCGSESPGSLNDTNQKFQTTFFQTRPALAV...

XP_057795218.1
MQLVRMADILFAERMKNVVGEWRAGLLRGVNCGSESPGSLNDTNQKFQTTFFQTRPALAVNGLTSRQLKLIKLVTEKHFNDLTYVHVTGESSCRLPLIVYTDSAKDRELLKGEVKACQRKAAEMSIKSAIGFRHVIDLLSSERKLIVGHNCFLDLAHVYSKFIGPLPSTAQEFVSAVQTYFPSIIDTKVLLNSDDVLWRIMKKGSTSLSKAFSLLCLLPVAPTSTSNGLADKPRVKVDVQVDGQRFSNWNSGAKHEAGYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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