Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001027`

染色体: Chr02 坐标: 18190439-18191095 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001027`
名称	SmilChr02G001027
描述	uncharacterized SmilChr02G001027
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	18190439 - 18191095 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008086`
GeneID	`131008086`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008086`
原始查询	`SmilChr02G001027`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057790970.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057790970.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790970.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790970.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790970.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:18190525`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	26	A24,B1,B100,B111,B119,B139,B23,B30,B34,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B97,C15,C25,C4,C62,C71,C76,C80
`Chr2:18190527`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	27	A24,B1,B100,B111,B119,B139,B23,B30,B34,B38,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B97,C15,C25,C4,C62,C71,C76,C80
`Chr2:18190533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr2:18190543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C49,C76
`Chr2:18190545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C49,C76
`Chr2:18190548`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B28,B72
`Chr2:18190548`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr2:18190549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,B54,B71,C15
`Chr2:18190573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B72
`Chr2:18190581`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A14,A24,B1,B111,B119,B139,B22,B23,B30,B34,B37,B38,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B95,B97,C15,C25,C4,C62,C76,C80
`Chr2:18190601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C77
`Chr2:18190636`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B28,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934987.1
ATGGTGCAGCAAAACCAGTATGGAAGAAAAGCCGTGGAGGACCCTAATGCGCACCTGGCGCAATTCCTGGAGCTCTACAGCACTGTTAAGATAAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGACTCCACCTCTTTCCATTCTCACTCCGGGATAAGGCAAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGAGGGATTTGGTGGATCTTTTCCTGCGAAAAATGTTCATGGACACAGTTGCAGGTGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008086
ATGGTGCAGCAAAACCAGTATGGAAGAAAAGCCGTGGAGGACCCTAATGCGCACCTGGCGCAATTCCTGGAGCTCTACAGCACTGTTAAGATAAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGACTCCACCTCTTTCCATTCTCACTCCGGGATAAGGCAAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGAGGGATTTGGTGGATCTTTTCCTGCGAAAAATGTTCATGGACACAGTTGCAGGTGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790970.1
MVQQNQYGRKAVEDPNAHLAQFLELYSTVKINGVPDDIIRLHLFPFSLRDKAKSWYQTLQLGANPVWRDLVDLFLRKMFMDTVAGGSLLKNGSSEAMEIIESMATTCYQWPSERVQLKKAAAVSSSDPLTLFATQITELTSKINTLTTARSVGFVY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器