当前解析结果
SmilChr02G001030| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001030 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001030 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001030 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 18226533 - 18226997 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008090 |
|---|---|
| GeneID | 131008090 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008090 |
| 原始查询 | SmilChr02G001030 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008090 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790973.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057790973.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790973.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790973.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790973.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:18226558 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B117,C23 |
Chr2:18226610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:18226641 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C12 |
Chr2:18226760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:18226761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr2:18226774 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,C13,C86 |
Chr2:18226799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:18226806 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr2:18226820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:18226823 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr2:18226827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A22,A5,B115,B126,B17,B30,B58,B65,B70,C33,C37,C72 |
Chr2:18226840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790973.1PF31073
DUF8803 78-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790973.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 78 | 138 | 1.4e-10 | 41.5 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。