Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001035`

染色体: Chr02 坐标: 18393809-18395436 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001035`
名称	SmilChr02G001035
描述	uncharacterized SmilChr02G001035
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	18393809 - 18395436 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011452`
GeneID	`131011452`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011452`
原始查询	`SmilChr02G001035`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830950]; symbol=AT5G10830; hit=AT5G10830; species=arabidopsis; confidence=high
产物	S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830950]; symbol=AT5G10830; hit=AT5G10830; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G10830` (AT5G10830) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830950] identity=64.8; qcov=0.929; evalue=2.28e-129; confidence=high
Rice	`Os01g0716500` - identity=46.6; qcov=0.932; evalue=5.45e-85; confidence=high
GO	GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF08241 (Methyltransf_11); PF08242 (Methyltransf_12); PF13649 (Methyltransf_25)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011452

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795228.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057795228.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057795228.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795228.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795228.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:18394044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B107
`Chr2:18394215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B136,B63,B96
`Chr2:18395284`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	58	A14,A18,A21,A22,A23,A24,B1,B10,B107,B115,B118,B119,B130,B131,B140,B16,B19,B20,B23,B35,B37,B4,B42,B43,B48,B59,B6,B69,B7,B75,B76,B80,B9,C1,C10,C17,C2,C20,C21,C26,C27,C38,C39,C40,C42,C43,C45,C46,C49,C61,C63,C74,C76,C86,C87,D11,D4,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795228.1

281 aa

140

281

Methyltransf_25

Methyltransf_12

Methyltransf_11

PF13649 Methyltransf_25 55-146 aa PF08242 Methyltransf_12 55-148 aa PF08241 Methyltransf_11 55-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795228.1`	Pfam	`PF13649`	Methyltransf_25	Domain	55	146	1.2e-09	39.4	Methyltransferase domain
`XP_057795228.1`	Pfam	`PF08242`	Methyltransf_12	Domain	55	148	6.8e-09	37.1	Methyltransferase domain
`XP_057795228.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	55	150	1.5e-10	42.3	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939245.1
GTCTACGGGAGAAAATAAAGCTCCCCTATTTAATTATTTGGTTTGTCCGTTTTATTTTAGTTATGAAAATTGTCGTTTTATATACGTTTATTTATTAACAATCGGGTGTAATGCAATGTGGACATTTCGACAAAATTAGAGAGAGAGAGAGATACAGTATGGCAGGACTGTTTGATAAGCAGGCGGAGATATATTTGGAAGCTCGGCCATCGTATCCGACGGAGTGGTACAAGATGCTGGCGGAGCTGACCCCCCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011452
ATGCAATGTGGACATTTCGACAAAATTAGAGAGAGAGAGAGATACAGTATGGCAGGACTGTTTGATAAGCAGGCGGAGATATATTTGGAAGCTCGGCCATCGTATCCGACGGAGTGGTACAAGATGCTGGCGGAGCTGACCCCCCACCACCGTCTCGCTTGGGATGTCGCCACCGGCAACGGCCAGGCCGCTTTTGGTGTTGCCGAGCATTATGAGCAAGTGATCGCAACAGACATAAGCTCAGCTCAGCTGAAATTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795228.1
MQCGHFDKIRERERYSMAGLFDKQAEIYLEARPSYPTEWYKMLAELTPHHRLAWDVATGNGQAAFGVAEHYEQVIATDISSAQLKFAKQRANVRYLHTPLSLSDDELVSLIGGEGSVDLITVAQAIHWFDLPRFYSVATRLLRQPGGVIAIWGYNGIEVSPAFDAAASCWYETTLPYWDSKIKPLFGGYGSLPFPFEGVGLGCEGSPLHLDIPKELAFEGYVRMVRSWSAVVTAEEQGVDLLPEGVVKELEAAWGGAHLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器