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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001044

染色体: Chr02 坐标: 18501069-18506418 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001044
名称SmilChr02G001044
描述ascorbate transporter, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向18501069 - 18506418 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011457
GeneID131011457
locus_tag-
NCBI NameLOC131011457
原始查询SmilChr02G001044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ascorbate transporter, chloroplastic-like
产物ascorbate transporter%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G00370 (ANTR2)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827908]
identity=66.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0570400 (OsPT24)
probable anion transporter 4, chloroplastic [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4347913]
identity=65.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011457

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795239.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057795239.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795239.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795239.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795239.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:18501844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C63
Chr2:18501895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:18502030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C58
Chr2:18502711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B21
Chr2:18502727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B99,D7
Chr2:18502745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C58
Chr2:18503292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:18503293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B18,D7
Chr2:18503310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr2:18503437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:18503882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C24
Chr2:18504894 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795239.1
615 aa
N
1
308
615
MFS_1
C
PF07690 MFS_1 211-574 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795239.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 211 574 8.3e-59 200.0 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939256.1
AAATAAGATTCAGCTGATATTCTGTATGAAGAGCAATGGCTCCATGTGTTATCCACTTTTAGAGCGAGAGAGAGAGAGAGTCACATTCTACTGAATCTACTCACAGAAAATCTCAAGTTTCATACTGATAATAATATCTCAATTGCTGTATCTATAGCTGCGACATGGCAGCGTAAATCGAAAACACTTGGAGTTGGAGCCGAAGAGAATTTTCCGGTGGCGATGGCAATCAGCGCCGTCGTTTCGCACCGGAATTTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011457
ATGGCAATCAGCGCCGTCGTTTCGCACCGGAATTTCGGCTGTTTCATCGGTTCTGGACGAGTTTATCATAGAGGAACACCATCAGATCGTCAAAGATGTCGGCATTCAAGTGTCAGTGCGGTGCAGTATGTGAATAAAAAAATGTTCTGCAGCAAGCTCTATCATCCGGCGGCAAGCTTTTCATTTGGCTATGTATATCAGTCATCCATTCCTGCTAAAGATAAACCAAACAGGGAAATCCCAAGATCAAAGCTGATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795239.1
MAISAVVSHRNFGCFIGSGRVYHRGTPSDRQRCRHSSVSAVQYVNKKMFCSKLYHPAASFSFGYVYQSSIPAKDKPNREIPRSKLMSHLNLDPVLITSHQTSNKLTSMNKRVKSRGAYECCLSSAYSDAGGIQTRKLDKLGFSYGQKPPSKHITVMRTRAEFKSEEHNNTSTEFETLVSSEGASEAALPVGAEPAKPWGSQLPKRWVMVLLCFAAFLLCNMDRVNMSIAILPMSKEFNWSSATVGLIQSSFFWGYLLTQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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