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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001051

染色体: Chr02 坐标: 18741084-18745446 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001051
名称SmilChr02G001051
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向18741084 - 18745446 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011463
GeneID131011463
locus_tag-
NCBI NameLOC131011463
原始查询SmilChr02G001051

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like
ArabidopsisAT1G55840 (AT1G55840)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842034]
identity=67; qcov=0.961; evalue=3.24e-169; confidence=high
RiceOs02g0200000
-
identity=64.1; qcov=0.967; evalue=1.17e-164; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011463

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795243.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795243.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795243.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795243.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:18741706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B129,B91,B98
Chr2:18742059 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C49,C69
Chr2:18742059 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 C49,C69
Chr2:18742124 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C49,C69
Chr2:18742124 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 C49,C69
Chr2:18742870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:18743349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B97
Chr2:18745023 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 46 A10,A18,A2,A20,B1,B103,B105,B109,B114,B115,B118,B122,B123,B139,B17,B22,B24,B33,B36,B47,B49,B51,B6,B60,B64,B7,B78,B79,B8,B86,B87,B95,C14,C16,C18,C23,C36,C37,C4,C45,C52,C61,C65,C67,C75,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795243.1
334 aa
N
1
167
334
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 12-58 aa PF00650 CRAL_TRIO 89-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795243.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 12 58 2.7e-08 34.5 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057795243.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 89 241 5.2e-20 72.5 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939260.1
GTGCAATAGCCCCAACGTCTTCACTCCATTGTTTTAAAAGGAGGTCCGTATATTCACAAGAGTCTTCCCTCACATCACACATGGTGTGAAAACATACACCACTTTGCTACACTTATATAGTAATAGAACATAGTAACACTATTTGAGCTCAAGTTCGAAATTTCGGGTCCGAATTTTCTTGAGTTGGTCTGAAGAAAGAAATTCACTAGTATAATGGTGCTAATAACCGAAGAAATTATCCAACAGTTTGAAGTCCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011463
ATGGTGCTAATAACCGAAGAAATTATCCAACAGTTTGAAGTCCTCATGAGAAAAGTTGATGAGCCATTGAAGAAGACTTTCCAGAACATGAATTTTGGGTATGAGCGGGAGACGTTGGTGAGATTTCTCAAAGCAAGGGATGGGAATGTATCAAACGCACATAAAATGCTTATGGAGTCTATATCCTGGAGGATACAAAATAAAATTGATGACATACTGGCGAAGCCAATAAATCCCATCGAGTTTTATAGAGCAATACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795243.1
MVLITEEIIQQFEVLMRKVDEPLKKTFQNMNFGYERETLVRFLKARDGNVSNAHKMLMESISWRIQNKIDDILAKPINPIEFYRAIRDSQLTGMCGYSKEGHPVFAVGVGRSTYDKASIHYYIQSHIQMNEYRDRVILPSATRKFGRYIGTCIKILDMTGLKFSALNQLKILSAISTIDDLNYPEKTETYYIVNAPYIFSACWKVVKPLLQERTRKKVQVLSGCGRDELLKIMEYESLPHFCRKEGSGTSRDGEVSDCFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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