当前解析结果
SmilChr02G001063| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001063 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001063 |
| 描述 | 30S ribosomal protein S10, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 18936614 - 18940083 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011469 |
|---|---|
| GeneID | 131011469 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011469 |
| 原始查询 | SmilChr02G001063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 30S ribosomal protein S10, chloroplastic-like |
| 产物 | 30S ribosomal protein S10%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G13120 (AT3G13120)Ribosomal protein S10p/S20e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820500] identity=65.4; qcov=1.02; evalue=1.95e-76; confidence=high |
| Rice | Os03g0196800- identity=87.4; qcov=0.594; evalue=2.64e-72; confidence=medium |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015935 (small ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00338 (Ribosomal_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011469 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057795247.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057795247.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795247.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795247.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795247.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:18939897 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795247.1PF00338
Ribosomal_S10 92-186 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795247.1 |
Pfam | PF00338 |
Ribosomal_S10 | Domain | 92 | 186 | 2.1e-33 | 115.2 | Ribosomal protein S10p/S20e |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。