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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001067

染色体: Chr02 坐标: 18990958-18997191 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001067
名称SmilChr02G001067
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向18990958 - 18997191 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008094
GeneID131008094
locus_tag-
NCBI NameLOC131008094
原始查询SmilChr02G001067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
产物probable sugar phosphate/phosphate translocator At1g06470
ArabidopsisAT1G06470 (AT1G06470)
Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837159]
identity=71.7; qcov=0.769; evalue=1.88e-56; confidence=high
RiceOs06g0153200
-
identity=75; qcov=0.769; evalue=1.71e-58; confidence=high
GOGO:0005793 (endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005801 (cis-Golgi network); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0015786 (UDP-glucose transmembrane transport)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057790977.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057790977.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057790977.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790977.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790977.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:18990962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C8
Chr2:18991034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C50
Chr2:18991133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:18996840 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 13 A14,B111,B128,B18,B2,B26,B31,B41,B44,C26,C60,D1,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934994.1
TACACTCTTTAATACTTCTCCAGGTATAAGCTGCATTATACCTGACTCAACTGATTCAGTCTTGGTGTCTGAATAATTTTGTTCTTGTTTATGTTTTATTACCTATATATGCTCTCATGGTTGTGTTCCTTTCTTTTGTTTTTTAACAATTGGTACATGATGATATCAAAAATGGAATGAAGAAAGAAACCTATGGTCTTAAAAATCCACTTACTTTGATGAGCTATGTGACCCCTATAATGGCAATTGCAACTGGTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008094
ATGAAGAAAGAAACCTATGGTCTTAAAAATCCACTTACTTTGATGAGCTATGTGACCCCTATAATGGCAATTGCAACTGGTGTTCTTTCTTTGATGCTGGATCCATGGCATGAATTGAGAAAGAACGATTACTTTAATAGCTCATCGCATATTCTGAGAAGTAGTTTGCTAATGTTGTTTGGTGGCACTCTGGCTTTCTTCATGGTATTAACAGAATATGTACTTGTGTCTGTAACAAGTGCAGTAACAGTTACAATAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790977.1
MKKETYGLKNPLTLMSYVTPIMAIATGVLSLMLDPWHELRKNDYFNSSSHILRSSLLMLFGGTLAFFMVLTEYVLVSVTSAVTVTIAGVVKEAVTILVAVLYFHDQFTWLKGLGLLTMRIPFCWKMMLELYPRMRIWIMIYHRRKHSQCQGRYDSP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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