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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001076

染色体: Chr02 坐标: 19254582-19260044 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001076
名称SmilChr02G001076
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向19254582 - 19260044 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011479
GeneID131011479
locus_tag-
NCBI NameLOC131011479
原始查询SmilChr02G001076

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
产物heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
ArabidopsisAT3G07810 (AT3G07810)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819972]
identity=52.6; qcov=0.995; evalue=1.4e-113; confidence=high
RiceOs07g0584500 (OJ1127_E01.125)
-
identity=52.7; qcov=0.949; evalue=7.75e-122; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1); PF16367 (RRM_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795251.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795253.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057795251.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057795251.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057795251.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:19255696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B35,C1
Chr2:19256915 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr2:19256915 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr2:19257074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:19257154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:19257546 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 16 A24,A9,B106,B122,B136,B14,B55,B72,B80,B94,C34,C40,C43,C6,D10,D11
Chr2:19257570 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 30 A13,A14,A19,A24,B10,B101,B102,B104,B106,B119,B134,B136,B28,B32,B37,B42,B43,B55,B71,B72,B74,B93,B95,C14,C38,C39,C43,C50,C62,D11
Chr2:19257662 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr2:19257662 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795251.1
538 aa
N
1
269
538
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057795252.1
538 aa
N
1
269
538
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057795253.1
477 aa
N
1
238
477
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057795254.1
477 aa
N
1
238
477
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057795255.1
428 aa
N
1
214
428
RRM_7
RRM_1
C
PF16367 RRM_7 57-128 aa PF00076 RRM_1 59-116 aa
XP_057795257.1
428 aa
N
1
214
428
RRM_7
RRM_1
C
PF16367 RRM_7 57-128 aa PF00076 RRM_1 59-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795251.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 2.7e-34 117.6 RNA recognition motif
XP_057795251.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 7e-15 55.5 RNA recognition motif
XP_057795251.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 2.7e-34 117.6 RNA recognition motif
XP_057795252.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 2.7e-34 117.6 RNA recognition motif
XP_057795252.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 7e-15 55.5 RNA recognition motif
XP_057795252.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 2.7e-34 117.6 RNA recognition motif
XP_057795253.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 2.1e-34 117.9 RNA recognition motif
XP_057795253.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 5.1e-15 55.9 RNA recognition motif
XP_057795253.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 2.1e-34 117.9 RNA recognition motif
XP_057795254.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 2.1e-34 117.9 RNA recognition motif
XP_057795254.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 5.1e-15 55.9 RNA recognition motif
XP_057795254.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 2.1e-34 117.9 RNA recognition motif
XP_057795255.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 57 128 5.4e-07 30.2 RNA recognition motif
XP_057795255.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 59 116 1.9e-15 57.2 RNA recognition motif
XP_057795257.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 57 128 5.4e-07 30.2 RNA recognition motif
XP_057795257.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 59 116 1.9e-15 57.2 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939271.1
TCTAGAGCTCATCTCCTGTCATCTACCTTGAGATATTCTTCAACCAGAGATGATGGCCTAAACAATCACATTCCCATAAAATACATACGCACCTCTCTCTTCCTCTTTACCTAAAATTTATTTTATAAAAATAAAAAGAATATCTCTCCTCCCATGTAAGTTAAAGGAATTCCATTTCTTTTGAATTTGTTTAAAAAGGATTGGAATAACCAAGAAAAAGAAAGCAAGAGAAGGACCTTTGGAGAAAGAGAGAGAGGGTA...
XM_057939268.1
TCTAGAGCTCATCTCCTGTCATCTACCTTGAGATATTCTTCAACCAGAGATGATGGCCTAAACAATCACATTCCCATAAAATACATACGCACCTCTCTCTTCCTCTTTACCTAAAATTTATTTTATAAAAATAAAAAGAATATCTCTCCTCCCATGTAAGTTAAAGGAATTCCATTTCTTTTGAATTTGTTTAAAAAGGATTGGAATAACCAAGAAAAAGAAAGCAAGAGAAGGACCTTTGGAGAAAGAGAGAGAGGGTA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131011479
ATGGAGACTGACCAAGGCAAACTCTTTATTGGTGGGATTTCCTGGGATACTAATGAGGATCGTCTTAAAGAGTATTTTGGAGCATATGGGAATGTGGTGGAGGCTGTGATCATGAAAGATCGAACCACAGGACGTGCTCGTGGATTCGGCTTTGTCGTCTTTGCTGACCCTGCAGTTGCTGAAAGGGTGGTTAAGGAGAAACACATGATTGATGGTCGAACTGTGGAAGCAAAGAAGGCAGTACCGAGGGATGACCAGCA...
LOC131011479
ATGGAGACTGACCAAGGCAAACTCTTTATTGGTGGGATTTCCTGGGATACTAATGAGGATCGTCTTAAAGAGTATTTTGGAGCATATGGGAATGTGGTGGAGGCTGTGATCATGAAAGATCGAACCACAGGACGTGCTCGTGGATTCGGCTTTGTCGTCTTTGCTGACCCTGCAGTTGCTGAAAGGGTGGTTAAGGAGAAACACATGATTGATGGTCGAACTGTGGAAGCAAAGAAGGCAGTACCGAGGGATGACCAGCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057795251.1
METDQGKLFIGGISWDTNEDRLKEYFGAYGNVVEAVIMKDRTTGRARGFGFVVFADPAVAERVVKEKHMIDGRTVEAKKAVPRDDQHLINRNSSSIQGSPGPGRTKKIFVGGLASTVTESDFKNYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYDSEEAVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPNRSPLVGYNYGFSRGNNFLNSYPQGYNLGSIGGYSVRMDGRYSPLASARAGFSPFGSPAYGVGVNMEQGL...
XP_057795252.1
METDQGKLFIGGISWDTNEDRLKEYFGAYGNVVEAVIMKDRTTGRARGFGFVVFADPAVAERVVKEKHMIDGRTVEAKKAVPRDDQHLINRNSSSIQGSPGPGRTKKIFVGGLASTVTESDFKNYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYDSEEAVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPNRSPLVGYNYGFSRGNNFLNSYPQGYNLGSIGGYSVRMDGRYSPLASARAGFSPFGSPAYGVGVNMEQGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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