Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001095`

染色体: Chr02 坐标: 19747853-19752356 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001095`
名称	SmilChr02G001095
描述	uncharacterized SmilChr02G001095
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	19747853 - 19752356 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008105`
GeneID	`131008105`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008105`
原始查询	`SmilChr02G001095`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.1; qcov=0.298; evalue=2.19e-43; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.4; qcov=0.595; evalue=6.82e-97; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790987.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790987.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057790987.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790987.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:19747872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr2:19747925`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	45	A14,A2,A22,A8,B100,B106,B108,B114,B124,B129,B140,B20,B22,B25,B27,B29,B34,B37,B39,B41,B46,B52,B53,B55,B56,B58,B68,B69,B71,B97,C13,C19,C25,C30,C31,C46,C48,C59,C70,C8,C82,C84,C85,D3,D4
`Chr2:19747958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:19747975`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B108,B117,C23
`Chr2:19747975`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B108,B117,C23
`Chr2:19748094`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B19,B37,B6,C63
`Chr2:19748147`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C76
`Chr2:19748169`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B68,C38
`Chr2:19748591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C82
`Chr2:19748591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr2:19748593`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B21,B41
`Chr2:19748595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790987.1

1363 aa

682

1363

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 522-677 aa PF13966 zf-RVT 1002-1081 aa PF13456 RVT_3 1211-1331 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790987.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	522	677	4.4e-20	73.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057790987.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1002	1081	9.5e-15	55.8	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057790987.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1211	1331	7.1e-19	68.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935004.1
ATGGAGGCGGTGATCCAGACTAATAGAGTGGCTCAGGAAGTGCTTAACCCTTTGGCGGAGGCTCCTGTTACGGAAAAAAAAAGAGGTCGTCTTACGGGAAAAGCAGTGAAAAAACATGTAAATATGGATGAAAGCATCAAGGGAAGACTGCGGAGAACGGAACAGTTGAAGCAAGCTTCAAAAGCTGAAGAATATATAAACAAAAAGCTGGAGACTGCTATTGATAGGGGTCATAAGCCAACTGGTTATGCTATTTTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008105
ATGGAGGCGGTGATCCAGACTAATAGAGTGGCTCAGGAAGTGCTTAACCCTTTGGCGGAGGCTCCTGTTACGGAAAAAAAAAGAGGTCGTCTTACGGGAAAAGCAGTGAAAAAACATGTAAATATGGATGAAAGCATCAAGGGAAGACTGCGGAGAACGGAACAGTTGAAGCAAGCTTCAAAAGCTGAAGAATATATAAACAAAAAGCTGGAGACTGCTATTGATAGGGGTCATAAGCCAACTGGTTATGCTATTTTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790987.1
MEAVIQTNRVAQEVLNPLAEAPVTEKKRGRLTGKAVKKHVNMDESIKGRLRRTEQLKQASKAEEYINKKLETAIDRGHKPTGYAILPSNNSKARTMDNVAAKSWAAEAVILDCSWSNMDFKFAIVHGASTHIDRRHLWIDLLDHIQGPTVFMGDFNAVKGAHVRSSACLPSVTSCQEFCNFIEATSFIEPPAVGLRFTWSGRRFMPTHVESKIDRGLFSEDFSNLWDSTYTQALPRITSHHSPLLLRCVKNSQQGPRHLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器