当前解析结果
SmilChr02G001103| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001103 |
| 描述 | syntaxin-51-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 19848898 - 19852362 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011500 |
|---|---|
| GeneID | 131011500 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011500 |
| 原始查询 | SmilChr02G001103 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | syntaxin-51-like |
| 产物 | syntaxin-51-like |
| Arabidopsis | AT1G16240 (SYP51)syntaxin of plants 51 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838193] identity=70.4; qcov=1; evalue=3.29e-122; confidence=high |
| Rice | Os08g0277900- identity=69.5; qcov=1; evalue=4.27e-121; confidence=high |
| GO | GO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278) |
| KEGG | smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF05739 (SNARE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011500 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.80000 | XP_057795266.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057795266.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057795266.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057795266.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795266.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:19850053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,C34,C40 |
Chr2:19850707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C5 |
Chr2:19850714 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr2:19850755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795266.1PF05739
SNARE 138-215 aa
XP_057795267.1PF05739
SNARE 138-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795266.1 |
Pfam | PF05739 |
SNARE | Domain | 138 | 215 | 9.1e-14 | 51.8 | SNARE domain |
XP_057795267.1 |
Pfam | PF05739 |
SNARE | Domain | 138 | 215 | 9.1e-14 | 51.8 | SNARE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。