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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001107

染色体: Chr02 坐标: 19955708-19956406 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001107
名称SmilChr02G001107
描述uncharacterized SmilChr02G001107
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向19955708 - 19956406 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008109
GeneID131008109
locus_tag-
NCBI NameLOC131008109
原始查询SmilChr02G001107

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790990.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790990.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057790990.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057790990.1
5 Acrosome Acrosome 0.40000 XP_057790990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:19955713 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 45 A10,A2,A20,B1,B103,B105,B113,B114,B121,B122,B123,B136,B139,B17,B20,B21,B22,B24,B47,B49,B51,B6,B60,B64,B78,B79,B8,B86,B87,B94,C16,C18,C19,C23,C36,C37,C39,C4,C52,C55,C57,C61,C65,C67,C75
Chr2:19955715 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 95 A10,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A4,A5,B1,B10,B101,B103,B105,B107,B109,B11,B113,B114,B117,B118,B121,B122,B123,B129,B130,B131,B136,B138,B139,B17,B20,B21,B22,B24,B29,B31,B38,B42,B45,B47,B48,B49,B51,B56,B57,B6,B60,B64,B65,B7,B70,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B86,B87,B94,C1,C12,C14,C16,C18,C19,C23,C24,C25,C26,C36,C37,C39,C4,C42,C43,C47,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C6,C61,C65,C67,C69,C75,C77,C8,C81
Chr2:19955733 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B39,B44
Chr2:19955733 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 B39,B44
Chr2:19955749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B26,C55
Chr2:19955760 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 19 A13,A15,B119,B138,B40,B52,B87,B90,B92,C2,C21,C28,C32,C40,C68,C7,C73,C87,D9
Chr2:19955763 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 26 B102,B13,B140,B23,B30,B48,B53,B67,B7,B81,B9,B99,C10,C15,C16,C19,C2,C37,C46,C52,C53,C64,C72,C80,C82,D2
Chr2:19955766 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 25 B102,B13,B140,B23,B30,B48,B53,B67,B7,B81,B9,B99,C10,C15,C16,C19,C2,C37,C52,C53,C64,C72,C80,C82,D2
Chr2:19955795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:19955799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B64,B83,D11
Chr2:19955823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B107,B35,B57,C1
Chr2:19955833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935007.1
ATGGATTATCTTGAGTCCCTAGGCTATTCCAGGCGCACAATGATTCTCAACCAGGATGCTGGCACATCCAAAATCCTTGAAGAGCCTACAGTCCCGAAGTCTGTAGATACTTTGCCTCTTCTATTGCCTCCTCATCAGGATCCAGAACCTAATGTCACTCTCCGAGAAGCATCTACATCTAAGACTGCTCCCCAAGCGGACTTTGCAGCTGATATCACTTCTCCAGAGCAACTAATGACTGATCCAATCAGTCAGTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008109
ATGGATTATCTTGAGTCCCTAGGCTATTCCAGGCGCACAATGATTCTCAACCAGGATGCTGGCACATCCAAAATCCTTGAAGAGCCTACAGTCCCGAAGTCTGTAGATACTTTGCCTCTTCTATTGCCTCCTCATCAGGATCCAGAACCTAATGTCACTCTCCGAGAAGCATCTACATCTAAGACTGCTCCCCAAGCGGACTTTGCAGCTGATATCACTTCTCCAGAGCAACTAATGACTGATCCAATCAGTCAGTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790990.1
MDYLESLGYSRRTMILNQDAGTSKILEEPTVPKSVDTLPLLLPPHQDPEPNVTLREASTSKTAPQADFAADITSPEQLMTDPISQLLIETSTAIPSFFEDIQPSDIDKATPPCSPPAAKVKSADNVDPSSPEGRIEDITETPRPLSPSIFTTDEPTPTEGHNISKERMFAASSPTKEEVLSSAPTATDVTSVTAAASTSQQPAQAPPASLEEPKKIIDAPLEQPEQIIDASS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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