Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001113`

染色体: Chr02 坐标: 20099419-20102046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001113`
名称	SmilChr02G001113
描述	40S ribosomal protein S8-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	20099419 - 20102046 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011508`
GeneID	`131011508`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011508`
原始查询	`SmilChr02G001113`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S8-like
产物	40S ribosomal protein S8-like
Arabidopsis	`AT5G59240` (AT5G59240) Ribosomal protein S8e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836042] identity=83.1; qcov=1; evalue=4.78e-125; confidence=high
Rice	`Os02g0489400` (S8) - identity=86.9; qcov=1.01; evalue=3.27e-137; confidence=high
GO	GO:0000462 (maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01201 (Ribosomal_S8e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011508

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795270.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057795270.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057795270.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795270.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795270.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:20100128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:20100178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A23,B130,B140,C35
`Chr2:20100187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:20100197`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	236	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr2:20100223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,B68
`Chr2:20100234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A23,B130,B140,C35
`Chr2:20100314`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr2:20101185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,B40,B98,C78,D5
`Chr2:20101232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr2:20101239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr2:20101864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795270.1

219 aa

110

219

Ribosomal_S8e

PF01201 Ribosomal_S8e 5-196 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795270.1`	Pfam	`PF01201`	Ribosomal_S8e	Family	5	196	3.6e-53	180.1	Ribosomal protein S8e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939287.1
TGAGAAGGCCCAAGAGAATAATATATAAGTTGAAGTTGTCATTGTAATTGAAGTGATCTCTAGGGTTTGAGAAGAGCGGAGCTACATATCTGCCTGCATTCCCAGGTAGACGTACAGGAGCTCATTCACCAGCAATCATGGGTATTTCTAGGGATTCTATGCACAAGAGGCGTGCAACTGGAGGCAAGAAGAAGGCGTGGAGGAAGAAGAGAAAGTATGAGCTGGGAAGACAACCAGCAAACACGAAGTTGTCCAGTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011508
ATGGGTATTTCTAGGGATTCTATGCACAAGAGGCGTGCAACTGGAGGCAAGAAGAAGGCGTGGAGGAAGAAGAGAAAGTATGAGCTGGGAAGACAACCAGCAAACACGAAGTTGTCCAGTAACAAGACAGTTCGCAGGGTCAGAGTTCGTGGAGGCAATGTGAAATGGCGTGCATTGAGGCTTGATACAGGAAACTACTCTTGGGGAAGTGAGGCTGTGACCCGAAAGACTCGTATTCTGGATGTTGTTTATAATGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795270.1
MGISRDSMHKRRATGGKKKAWRKKRKYELGRQPANTKLSSNKTVRRVRVRGGNVKWRALRLDTGNYSWGSEAVTRKTRILDVVYNASNNELVRTQTLVKGAIVQVDAAPFKQWYLQHYGVEIGRKKKTAAKKEGEETETTVTEEAKKSNHVQRKLEKRQQDRKIDQHIEEQFGGGRLLAAISSRPGQCGRCDGYILEGKELEFYMKKLQRKKGKGAGAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器