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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001126

染色体: Chr02 坐标: 20403583-20408569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001126
名称SmilChr02G001126
描述aspartate carbamoyltransferase 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20403583 - 20408569 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011518
GeneID131011518
locus_tag-
NCBI NameLOC131011518
原始查询SmilChr02G001126

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartate carbamoyltransferase 1, chloroplastic-like
产物aspartate carbamoyltransferase 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G20330 (PYRB)
PYRIMIDINE B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821577]
identity=84.8; qcov=0.906; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0248800 (PYRB)
-
identity=82.8; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004070 (aspartate carbamoyltransferase activity); GO:0006207 ('de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process); GO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0016597 (amino acid binding)
KEGGsmil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00185 (OTCace); PF02729 (OTCace_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011518

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795280.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057795280.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795280.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795280.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20405876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C9
Chr2:20407058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:20407150 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B47
Chr2:20407150 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B47
Chr2:20407562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr2:20407636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B136,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795280.1
435 aa
N
1
218
435
OTCace_N
OTCace
C
PF02729 OTCace_N 100-241 aa PF00185 OTCace 248-393 aa
XP_057795281.1
404 aa
N
1
202
404
OTCace_N
OTCace
C
PF02729 OTCace_N 100-241 aa PF00185 OTCace 248-399 aa
XP_057795282.1
404 aa
N
1
202
404
OTCace_N
OTCace
C
PF02729 OTCace_N 100-241 aa PF00185 OTCace 248-399 aa
XP_057795283.1
362 aa
N
1
181
362
OTCace_N
OTCace
C
PF02729 OTCace_N 58-199 aa PF00185 OTCace 206-357 aa
XP_057795284.1
362 aa
N
1
181
362
OTCace_N
OTCace
C
PF02729 OTCace_N 58-199 aa PF00185 OTCace 206-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795280.1 Pfam PF02729 OTCace_N Domain 100 241 2.3e-47 161.5 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
XP_057795280.1 Pfam PF00185 OTCace Domain 248 393 7.8e-31 108.0 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain
XP_057795281.1 Pfam PF02729 OTCace_N Domain 100 241 1.9e-47 161.8 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
XP_057795281.1 Pfam PF00185 OTCace Domain 248 399 2.7e-34 119.2 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain
XP_057795282.1 Pfam PF02729 OTCace_N Domain 100 241 1.9e-47 161.8 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
XP_057795282.1 Pfam PF00185 OTCace Domain 248 399 2.7e-34 119.2 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain
XP_057795283.1 Pfam PF02729 OTCace_N Domain 58 199 1.4e-47 162.2 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
XP_057795283.1 Pfam PF00185 OTCace Domain 206 357 2.1e-34 119.5 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain
XP_057795284.1 Pfam PF02729 OTCace_N Domain 58 199 1.4e-47 162.2 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
XP_057795284.1 Pfam PF00185 OTCace Domain 206 357 2.1e-34 119.5 Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

14 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096985.1
ACTTTTTTAGCTGTCTTCTTTGGAGCCACACCCCCACGCGCCGCCCTTTCCCTTCTCTTTTTCTGCAAATCTGCTTCCTCCTCGACTGTTTCTGCCGCCTACTTTCCCCTCTTCTATTTTTTCAACGTGCACCTGTCTAAATCGTCGCAGGGCAGTCCTCTTCGCCGGCGGTAGGGGAGCTATCAGACAACTTCCGGGAACCCTCTTAGAAGTCGAGGTATATGGCATCATCTTCCATATTTTCCACTTGCACCATAAAG...
XR_009096986.1
ACTTTTTTAGCTGTCTTCTTTGGAGCCACACCCCCACGCGCCGCCCTTTCCCTTCTCTTTTTCTGCAAATCTGCTTCCTCCTCGACTGTTTCTGCCGCCTACTTTCCCCTCTTCTATTTTTTCAACGTGCACCTGTCTAAATCGTCGCAGGGCAGTCCTCTTCGCCGGCGGTAGGGGAGCTATCAGACAACTTCCGGGAACCCTCTTAGAAGTCGAGCTTCTATATTTGATTAGGTATATGGCATCATCTTCCATATTTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131011518
ATGGCATCATCTTCCATATTTTCCACTTGCACCATAAAGCGGAGTGTACTTGCTCCTAAGGCTTCGAAGACCAATGCTGAGTCTGTTTGCAATCATCTGAATGGTATCTTTAAACTAACATATAGATCTCTGTCCATATCTGCATCTGCTGACACATCACATTCATGGGCTTTTCCAAATGGGAAAGCATTTGACTGGAAACAAGGAAACTTGTCTTTGATGAGTGCAGTCAAATGCAGAGCGCTGAATGTTGAGACAAA...
LOC131011518
ATGGCATCATCTTCCATATTTTCCACTTGCACCATAAAGCGGAGTGTACTTGCTCCTAAGGCTTCGAAGACCAATGCTGAGTCTGTTTGCAATCATCTGAATGTCAAATGCAGAGCGCTGAATGTTGAGACAAAGCCTTTATTTTCACTGGGGAGTAAATTTGAACTCGAAGACGTTATTGAAGCTCAACAGTTTGACAGAGATACTCTCAGTGCCATATTTGACGTGGCACTGGAGATGGAGAAGATTGAGAAGAACTC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057795280.1
MASSSIFSTCTIKRSVLAPKASKTNAESVCNHLNGIFKLTYRSLSISASADTSHSWAFPNGKAFDWKQGNLSLMSAVKCRALNVETKPLFSLGSKFELEDVIEAQQFDRDTLSAIFDVALEMEKIEKNSTGSNLLQGYLMATLFYEPSTRTRLSFESAMKRLGGEVLTTENAREFSSAAKGETLEDTIRTVEGYTDIIVMRHFESGAARRAAATANIPVINAGDGPGQHPTQALLDVYTIQREIGKLDGIKVGLVGDLAY...
XP_057795281.1
MASSSIFSTCTIKRSVLAPKASKTNAESVCNHLNGIFKLTYRSLSISASADTSHSWAFPNGKAFDWKQGNLSLMSAVKCRALNVETKPLFSLGSKFELEDVIEAQQFDRDTLSAIFDVALEMEKIEKNSTGSNLLQGYLMATLFYEPSTRTRLSFESAMKRLGGEVLTTENAREFSSAAKGETLEDTIRTVEGYTDIIVMRHFESGAARRAAATANIPVINAGDGPGQHPTQALLDVYTIQREIGKLDGIKVGLVGDLAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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