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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001127

染色体: Chr02 坐标: 20403638-20404276 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001127
名称SmilChr02G001127
描述endoglucanase 11-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20403638 - 20404276 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008114
GeneID131008114
locus_tag-
NCBI NameLOC131008114
原始查询SmilChr02G001127

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endoglucanase 11-like
产物endoglucanase 11-like
ArabidopsisAT2G32990 (GH9B8)
glycosyl hydrolase 9B8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817861]
identity=63.1; qcov=0.92; evalue=2.47e-86; confidence=high
RiceOs09g0394300 (OsGH9B11)
-
identity=51.7; qcov=0.995; evalue=5.07e-73; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00759 (Glyco_hydro_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057790995.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790995.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790995.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790995.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20403715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:20403883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B19,C63
Chr2:20403922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:20403994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B9,C26,C32,C68
Chr2:20403997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B9,C26
Chr2:20404098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B32
Chr2:20404207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr2:20404216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B136,B55
Chr2:20404219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B16,C46,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790995.1
212 aa
N
1
106
212
Glyco_hydro_9
C
PF00759 Glyco_hydro_9 12-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790995.1 Pfam PF00759 Glyco_hydro_9 Repeat 12 199 8e-47 161.2 Glycosyl hydrolase family 9

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935012.1
ATGTTGCAGTTACCAATCAAAGGGAAAAGTGGAGAAGAAAAGAAAACCCTGCTACAATACCGATCAAAGGCAGAATTCTACATCTGTGCTTGCTTGAACATGAACAACTCCACCAACGTAAAGCGCACCCCGGCCGGCCTACTCTACACCCGCCGATGGAACAACATGCAGTACGTTTCCAACGGCCTTCTCTTGCTCACAGCCTACTCCGAACACCTCCATTCCACCAACCAAACCCTCAACTGCCATGCCAGCTCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008114
ATGTTGCAGTTACCAATCAAAGGGAAAAGTGGAGAAGAAAAGAAAACCCTGCTACAATACCGATCAAAGGCAGAATTCTACATCTGTGCTTGCTTGAACATGAACAACTCCACCAACGTAAAGCGCACCCCGGCCGGCCTACTCTACACCCGCCGATGGAACAACATGCAGTACGTTTCCAACGGCCTTCTCTTGCTCACAGCCTACTCCGAACACCTCCATTCCACCAACCAAACCCTCAACTGCCATGCCAGCTCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790995.1
MLQLPIKGKSGEEKKTLLQYRSKAEFYICACLNMNNSTNVKRTPAGLLYTRRWNNMQYVSNGLLLLTAYSEHLHSTNQTLNCHASSVGSHEILSFVKSQADYILGANPMGVSYLVGVEPSYPKRVHHRGASTVSYRDSKVFVGCMQGYHSWLGRQAPNPNVLVGALVGGPDLNDEFRDRRTNFAQTEACTYNTASLVGVFAKLNALHEAGKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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