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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001128

染色体: Chr02 坐标: 20411185-20412039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001128
名称SmilChr02G001128
描述uncharacterized SmilChr02G001128
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20411185 - 20412039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008115
GeneID131008115
locus_tag-
NCBI NameLOC131008115
原始查询SmilChr02G001128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=28.8; qcov=0.94; evalue=1.65e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008115

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790996.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790996.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057790996.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057790996.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790996.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20411195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C47
Chr2:20411205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B2,B77
Chr2:20411216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B37,C38
Chr2:20411226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B71,C6,C72
Chr2:20411227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:20411237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr2:20411238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B2,B77
Chr2:20411275 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B117,B134,C22,C3,C64,C8
Chr2:20411304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B77,B89
Chr2:20411324 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B68
Chr2:20411324 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B68
Chr2:20411353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C80,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935013.1
ATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACACCGAACAGAGGATTGCATTGCACTACGATTGGAAGTGGCACACTTACTCAAAGAGGGTCACCTAACTGAGTTCCTAACAGACAAGGGCCAACATACCCTAAAGCATGGAAATGACAGACGAGACGAGCGCAGAGAAGTCACCCCACCCAACCCGCCAAACCATGAGAGAACAGTCAATGTCATTTCTGGCGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008115
ATGAGGGCACCAGCCGACCAGAGAGATAGATCTAAGTGGTGCGAGTTTCATGCCGACCATGGACACCGAACAGAGGATTGCATTGCACTACGATTGGAAGTGGCACACTTACTCAAAGAGGGTCACCTAACTGAGTTCCTAACAGACAAGGGCCAACATACCCTAAAGCATGGAAATGACAGACGAGACGAGCGCAGAGAAGTCACCCCACCCAACCCGCCAAACCATGAGAGAACAGTCAATGTCATTTCTGGCGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790996.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLKEGHLTEFLTDKGQHTLKHGNDRRDERREVTPPNPPNHERTVNVISGGLEVSGITHSAAKRHTRQAMSTRTRGSVTSQATADQPTQTISFQTTESDKLLNPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANIMFINAFREMGLNESNITRKTAVLIGFNGESKTTIGEIDLPVYAEGVNLSTRFLVIDAPSAFNVILGRPWIHDMEAVPSTFHQVVKFPTKWGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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