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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001129

染色体: Chr02 坐标: 20416119-20416822 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001129
名称SmilChr02G001129
描述uncharacterized SmilChr02G001129
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20416119 - 20416822 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008116
GeneID131008116
locus_tag-
NCBI NameLOC131008116
原始查询SmilChr02G001129

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008116

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790997.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790997.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057790997.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790997.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790997.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20416178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B21,B60,B79
Chr2:20416196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C19
Chr2:20416211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B82
Chr2:20416229 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B24
Chr2:20416229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr2:20416244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C64,C75
Chr2:20416264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:20416270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D5
Chr2:20416306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B125,B13
Chr2:20416317 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 33 A15,A25,A3,A5,B100,B106,B11,B110,B117,B132,B136,B19,B2,B20,B45,B56,B7,B89,B94,B96,B97,C11,C13,C32,C45,C46,C53,C68,C69,C7,C70,C87,D4
Chr2:20416325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B62,B9
Chr2:20416337 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A21,A9,B117,B119,B138,B66,B87,C22,C50,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935014.1
ATGGTTAGCTCAAGTGAGGAACCTACGACTGATCTCTTGGATGCGGTGTCTCTACCCTCGCCTGTCGGGAGGGGCAAGCGATCCGCATCATCCGTCGTCTCTGATCAGTCTGGTGGCTCAATCATTATGAAGTTTCCTGTGGATGCTGCTGCTTATTCGCCTTGTGCTCCGCTGCTTGAGGATCGTGCTCGGTTGGATGCTGCTGGCTATGACTCGGCTATGGAGGCTATCGTTTCCCATTCATTTTTGGGTACACGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008116
ATGGTTAGCTCAAGTGAGGAACCTACGACTGATCTCTTGGATGCGGTGTCTCTACCCTCGCCTGTCGGGAGGGGCAAGCGATCCGCATCATCCGTCGTCTCTGATCAGTCTGGTGGCTCAATCATTATGAAGTTTCCTGTGGATGCTGCTGCTTATTCGCCTTGTGCTCCGCTGCTTGAGGATCGTGCTCGGTTGGATGCTGCTGGCTATGACTCGGCTATGGAGGCTATCGTTTCCCATTCATTTTTGGGTACACGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790997.1
MVSSSEEPTTDLLDAVSLPSPVGRGKRSASSVVSDQSGGSIIMKFPVDAAAYSPCAPLLEDRARLDAAGYDSAMEAIVSHSFLGTRGILYLGDKVKELEKQLTKLRAEQVDCRKENRDLKKCKVELDNVIKGLQEQVASHEQDAGKLHEALENLEAVSARVRDLEFEIVQLKNMMEDVGLETEVLIRGEIYQEFRDGKSGEWDVD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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