当前解析结果
SmilChr02G001142| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001142 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001142 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001142 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 20675172 - 20679004 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011526 |
|---|---|
| GeneID | 131011526 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011526 |
| 原始查询 | SmilChr02G001142 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715]; symbol=AT3G21610; hit=AT3G21610; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715]; symbol=AT3G21610; hit=AT3G21610; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G21610 (AT3G21610)Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715] identity=69.9; qcov=0.907; evalue=1.35e-76; confidence=high |
| Rice | Os01g0901800 (P0035F12.32-2)- identity=65.2; qcov=0.839; evalue=5.18e-61; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02681 (DUF212) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011526 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057795292.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057795292.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057795292.1 |
| 4 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057795292.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795292.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:20677906 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B93 |
Chr2:20677906 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795292.1PF02681
DUF212 20-153 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795292.1 |
Pfam | PF02681 |
DUF212 | Family | 20 | 153 | 4e-50 | 170.0 | Divergent PAP2 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。