Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001148`

染色体: Chr02 坐标: 20878858-20881159 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001148`
名称	SmilChr02G001148
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At4g12980-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	20878858 - 20881159 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011521`
GeneID	`131011521`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011521`
原始查询	`SmilChr02G001148`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At4g12980-like
产物	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At4g12980-like
Arabidopsis	`AT3G25290` (AT3G25290) Auxin-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822123] identity=35.9; qcov=1.01; evalue=1.51e-64; confidence=medium
Rice	`Os03g0194900` - identity=36.4; qcov=0.888; evalue=1.66e-64; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04526 (DUF568)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795287.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795287.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795287.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795287.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795287.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:20879301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B137
`Chr2:20880583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:20880651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:20880768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr2:20880812`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B45
`Chr2:20880812`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B45
`Chr2:20880852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr2:20880855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B140,B69
`Chr2:20880897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,C32,C68,D3
`Chr2:20880900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,C32,C68,D3
`Chr2:20880916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B140,B69
`Chr2:20881002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B137,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795287.1

393 aa

196

393

DUF568

PF04526 DUF568 92-203 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795287.1`	Pfam	`PF04526`	DUF568	Family	92	203	1.2e-17	65.2	Protein of unknown function (DUF568)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939304.1
AAACCATGCTGTAACAGAATAAATAAAGCTCCGCTATCTATTAATTCATTCAAACAGCATAGACTTATTTATATGATATCAAAGAATAACACAACTCAAAATCCAAAATGACGAACATACCCCTACTCGTCGCACTCGCGGCGCTGCTCTCCCCTCTCCTCGCCACCGCGCACGACTGCAGCCAAGACTTCCGAGCAGAAGCCGAGAAAATGATGCCGAACTCCACGCGAATCCAGAGCTGCCGGCGGAAGACTCTGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011521
ATGACGAACATACCCCTACTCGTCGCACTCGCGGCGCTGCTCTCCCCTCTCCTCGCCACCGCGCACGACTGCAGCCAAGACTTCCGAGCAGAAGCCGAGAAAATGATGCCGAACTCCACGCGAATCCAGAGCTGCCGGCGGAAGACTCTGGCGGCCGAATTGGCGTGGAGCTTCGACAGGGCGTCCCGAGGGCTCCACGTGGCCTTCGGGGCACAGCTGAGGCGCGAAGACACGGGTTGGCTCGCCTGGGGCGTAAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795287.1
MTNIPLLVALAALLSPLLATAHDCSQDFRAEAEKMMPNSTRIQSCRRKTLAAELAWSFDRASRGLHVAFGAQLRREDTGWLAWGVNPGGPHMDGTRAVIGIKQRNGSYGCHKYNVTAATKSRRCPLVPADDIDIGVEFSSYRMEYVPRLDYHVIVATVVLPEKEFNSLETHVVWQIGEHINGNEPLMHPKSLNNFDSTETLDLQSVKIISYTRHRRFKLRIVHGVLNIVGWGTLLPSGAIVARYMRIFPKPCVRWYDVHV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器