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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001149

染色体: Chr02 坐标: 20918869-20924304 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001149
名称SmilChr02G001149
描述uncharacterized SmilChr02G001149
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20918869 - 20924304 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011514
GeneID131011514
locus_tag-
NCBI NameLOC131011514
原始查询SmilChr02G001149

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835601]; symbol=AT5G55100; hit=AT5G55100; species=arabidopsis; confidence=medium
产物SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835601]; symbol=AT5G55100; hit=AT5G55100; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G55100 (AT5G55100)
SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835601]
identity=36.9; qcov=0.595; evalue=4.68e-61; confidence=medium
RiceOs01g0698100 (OJ1116_H09.32-2)
-
identity=41.6; qcov=0.274; evalue=2.05e-41; confidence=weak
GOGO:0000395 (mRNA 5'-splice site recognition); GO:0003723 (RNA binding); GO:0006396 (RNA processing)
KEGG-
PfamPF01805 (Surp); PF09750 (DRY_EERY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011514

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795272.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057795272.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057795272.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795274.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20919023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,C32,C68,D3
Chr2:20919043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B140,B69
Chr2:20920120 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 101 A10,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A5,A7,A8,B10,B100,B104,B106,B108,B11,B115,B118,B119,B123,B124,B125,B126,B130,B134,B135,B137,B138,B20,B23,B27,B28,B29,B30,B33,B38,B42,B43,B46,B47,B48,B51,B56,B57,B59,B6,B64,B65,B69,B70,B71,B77,B79,B8,B80,B81,B83,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B96,C10,C13,C16,C21,C23,C27,C31,C4,C41,C42,C43,C48,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C70,C77,C80,C82,C86,D11,D3,D4,D7
Chr2:20920140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B55,C24
Chr2:20920770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B97
Chr2:20921023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B71,C20
Chr2:20921247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B53,B71,C20
Chr2:20921269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B29,B9,B97,C26
Chr2:20921291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:20921448 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B118,B130,B20,B22,B37,B95,C33,C9
Chr2:20921486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr2:20922408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795272.1
1054 aa
N
1
527
1054
DRY_EERY
Surp
Surp
C
PF09750 DRY_EERY 2-110 aa PF01805 Surp 144-199 aa PF01805 Surp 338-398 aa
XP_057795273.1
931 aa
N
1
466
931
Surp
Surp
C
PF01805 Surp 21-76 aa PF01805 Surp 215-275 aa
XP_057795274.1
870 aa
N
1
435
870
Surp
C
PF01805 Surp 154-214 aa
XP_057795275.1
870 aa
N
1
435
870
Surp
C
PF01805 Surp 154-214 aa
XP_057795276.1
870 aa
N
1
435
870
Surp
C
PF01805 Surp 154-214 aa
XP_057795277.1
870 aa
N
1
435
870
Surp
C
PF01805 Surp 154-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795272.1 Pfam PF09750 DRY_EERY Domain 2 110 3e-22 80.0 Alternative splicing regulator
XP_057795272.1 Pfam PF01805 Surp Domain 144 199 6.2e-33 113.0 Surp module
XP_057795272.1 Pfam PF01805 Surp Domain 338 398 6.2e-33 113.0 Surp module
XP_057795273.1 Pfam PF01805 Surp Domain 21 76 5.3e-33 113.2 Surp module
XP_057795273.1 Pfam PF01805 Surp Domain 215 275 5.3e-33 113.2 Surp module
XP_057795274.1 Pfam PF01805 Surp Domain 154 214 7.7e-16 58.2 Surp module
XP_057795275.1 Pfam PF01805 Surp Domain 154 214 7.7e-16 58.2 Surp module
XP_057795276.1 Pfam PF01805 Surp Domain 154 214 7.7e-16 58.2 Surp module
XP_057795277.1 Pfam PF01805 Surp Domain 154 214 7.7e-16 58.2 Surp module

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939289.1
ATAAGCCGAAGCATTTTCATACGGACCATACGGTAGATCCCAAATTGACATACAAATACAAAATTTCTTATTTTTAGGGTTTCTTATGGTTTGAGTTCAACCTACAATCCGACGCGATAACTCAATTTGCAAAGCAGAAAGCGGATATGGATATGGAGATAGTTGGTCGCCACGCCTTGCTCTTCGACGATGATTCCATGGCGGCGTTCGTCAACTCCGGCGACGCCCTCGTCGAGTGGCACTCCCTCCAAATTGACCGC...
XM_057939293.1
TGTATAATTCTGTTAAAGATGTTAATGAGTCTACCTTTCTTAAGCAATTGGAAAATTATGGTCAGGTGTTCATTCACTCATTTCCTCAACTAACGTCTTAAAGAAAACTAATAGAGATTTCACTGTGTCAATATGGTGCTATGGGCAACAGTTTGTCTAGGCAGTAAATTGGCTGCTTCCATGAATATTTTTCGTGGAGTTGGCTATGCCCATTGTCAAGCAATTGTTTCTTCTGGAATCTCTTATAAAACAGGTAGGAC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131011514
ATGGATATGGAGATAGTTGGTCGCCACGCCTTGCTCTTCGACGATGATTCCATGGCGGCGTTCGTCAACTCCGGCGACGCCCTCGTCGAGTGGCACTCCCTCCAAATTGACCGCTACGATGTCCGCCACCTCCTCTCTGCTCCTCCTCCGTCGCGCCGCCGCAATCGCAGCTACGAACCTAGAACCTCCGATGACCCTTCCATAGAATTCCTAATCGATCAGGAACGATATCTTGATCTTCCATTGGAGTCCAATCAACC...
LOC131011514
ATGGAAGCCAGAGGGTATCTCCCTCCATTCTCTGTTCCTGGGGACATTGTCCAAAGCTTGCCTCCAACAGAAAAAATACATCAGATAATTGCAAGAACCGCCATTTTTGTGAGCAAACATGGTGGGCAATCAGAGATCATTCTGCGGGTGAAACAAGGGGACAACCCAACATTTGGATTCTTGATGCCTGATCATCATCTTCATACATACTTCAGATATCTTGTTGAGCACCCAGAACTTTTGCATCCTGAAATTGACGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057795272.1
MDMEIVGRHALLFDDDSMAAFVNSGDALVEWHSLQIDRYDVRHLLSAPPPSRRRNRSYEPRTSDDPSIEFLIDQERYLDLPLESNQPELEQEEKPSNSGGYHAIAFSYGNTGDFADQKNTDIEMEARGYLPPFSVPGDIVQSLPPTEKIHQIIARTAIFVSKHGGQSEIILRVKQGDNPTFGFLMPDHHLHTYFRYLVEHPELLHPEIDEKSQDERKMVGTEHKDSGNIGGALSLLGSVYGSGEDEDGDDAVNASPSQDA...
XP_057795273.1
MEARGYLPPFSVPGDIVQSLPPTEKIHQIIARTAIFVSKHGGQSEIILRVKQGDNPTFGFLMPDHHLHTYFRYLVEHPELLHPEIDEKSQDERKMVGTEHKDSGNIGGALSLLGSVYGSGEDEDGDDAVNASPSQDAKNKESVETAAKDESISGKSILSKKDKVPAVKKNTSIIGSKHKSVKGIKKEDSSGLFSAKDEKLRNHGIGATSKPILEPPPELKRMVDKLVEFVMRNGRQFEATLLEQDSKLERFPFLLSSNQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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