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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001187

染色体: Chr02 坐标: 21789593-21793173 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001187
名称SmilChr02G001187
描述uncharacterized SmilChr02G001187
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向21789593 - 21793173 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011566
GeneID131011566
locus_tag-
NCBI NameLOC131011566
原始查询SmilChr02G001187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FAM210B-like protein, putative (DUF1279) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817272]; symbol=AT2G27290; hit=AT2G27290; species=arabidopsis; confidence=high
产物FAM210B-like protein, putative (DUF1279) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817272]; symbol=AT2G27290; hit=AT2G27290; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G27290 (AT2G27290)
FAM210B-like protein, putative (DUF1279) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817272]
identity=63.6; qcov=0.941; evalue=1.48e-57; confidence=high
RiceOs04g0416000 (OJ991214_12.13)
-
identity=69.9; qcov=0.781; evalue=3.49e-48; confidence=medium
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
PfamPF06916 (FAM210A-B_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795317.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057795317.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057795317.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057795317.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795317.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:21792172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B98
Chr2:21792643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B98
Chr2:21792782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:21792948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:21792949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:21792950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B98
Chr2:21792964 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 29 A1,A13,A18,A3,A6,B105,B109,B121,B126,B137,B15,B53,B66,B70,B76,B8,B89,C20,C35,C4,C45,C55,C60,C76,C79,C80,D2,D5,D6
Chr2:21792976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:21793003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B80,C17,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795317.1
207 aa
N
1
104
207
FAM210A-B_dom
C
PF06916 FAM210A-B_dom 92-194 aa
XP_057795318.1
207 aa
N
1
104
207
FAM210A-B_dom
C
PF06916 FAM210A-B_dom 92-194 aa
XP_057795319.1
187 aa
N
1
94
187
FAM210A-B_dom
C
PF06916 FAM210A-B_dom 92-174 aa
XP_057795320.1
187 aa
N
1
94
187
FAM210A-B_dom
C
PF06916 FAM210A-B_dom 92-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795317.1 Pfam PF06916 FAM210A-B_dom Domain 92 194 3.4e-23 82.6 FAM210A/B-like domain
XP_057795318.1 Pfam PF06916 FAM210A-B_dom Domain 92 194 3.4e-23 82.6 FAM210A/B-like domain
XP_057795319.1 Pfam PF06916 FAM210A-B_dom Domain 92 174 9.9e-26 90.8 FAM210A/B-like domain
XP_057795320.1 Pfam PF06916 FAM210A-B_dom Domain 92 174 9.9e-26 90.8 FAM210A/B-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939336.1
AATTCTAACGGGTTACCCACTAGTTTCTTCAAACTCTAGTTGTCTGAAATTAGGCCACATTCTTTTTCCATCTTTTCAGGCCTTACTCTTTAAACTTTGGGCGGCCGAAATTAGAGCGAGAGAGAATTAGAAAGAGAGGGAGGCAACAGGAGAGTGAAAGACAAGTTCTTGTTTCTTCCAAGCTTTCATCCATTTTATCCATTCAATCTTCGATCCTTCAGCGAACTGAAACCAATACAGCACAAGGCACCGTAGATATG...
XM_057939337.1
AATTCTAACGGGTTACCCACTAGTTTCTTCAAACTCTAGTTGTCTGAAATTAGGCCACATTCTTTTTCCATCTTTTCAGGCCTTACTCTTTAAACTTTGGGCGGCCGAAATTAGAGCGAGAGAGAATTAGAAAGAGAGGGAGGCAACAGGAGAGTGAAAGACAAGTTCTTGTTTCTTCCAAGCTTTCATCCATTTTATCCATTCAATCTTCGATCCTTCAGCGAACTGAAACCAATACAGCACAAGGCACCGTAGATATG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011566
ATGGCCACAATTCTGCCAATTCCTATTCAGCGCTTCAGCAGCAGAGCTACATCTTCTCCCTCCAAAAATGGCGAAATCAGCATATTTTTTAGCTCTGTTTTGAATTCAAAGTCTGCTCGCAATAGATTGAAGGTGAGAGCGGTGGAGGAGAAGATTGAGGAAATGAAGACTCCTTCATCTGCAGATGAAATCACCAAGAAATATGGGCTTGAAGCTGGTTTGTGGAAGATATTTTCGTCAAAAGAAGGAGGTGAGAAGAA...
LOC131011566
ATGGCCACAATTCTGCCAATTCCTATTCAGCGCTTCAGCAGCAGAGCTACATCTTCTCCCTCCAAAAATGGCGAAATCAGCATATTTTTTAGCTCTGTTTTGAATTCAAAGTCTGCTCGCAATAGATTGAAGGTGAGAGCGGTGGAGGAGAAGATTGAGGAAATGAAGACTCCTTCATCTGCAGATGAAATCACCAAGAAATATGGGCTTGAAGCTGGTTTGTGGAAGATATTTTCGTCAAAAGAAGGAGGTGAGAAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795317.1
MATILPIPIQRFSSRATSSPSKNGEISIFFSSVLNSKSARNRLKVRAVEEKIEEMKTPSSADEITKKYGLEAGLWKIFSSKEGGEKKSKGDEAKELLAKYGGAYLATSITLSLISFGLCYALINAGVDVPALLQKVLVFLNLFVVCLFDLMVVLQVGISADATGEKVGTLALAYAAHKAASPIRFPPTVALTPVVAGWISKKVDGEK
XP_057795318.1
MATILPIPIQRFSSRATSSPSKNGEISIFFSSVLNSKSARNRLKVRAVEEKIEEMKTPSSADEITKKYGLEAGLWKIFSSKEGGEKKSKGDEAKELLAKYGGAYLATSITLSLISFGLCYALINAGVDVPALLQKVLVFLNLFVVCLFDLMVVLQVGISADATGEKVGTLALAYAAHKAASPIRFPPTVALTPVVAGWISKKVDGEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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