Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001192`

染色体: Chr02 坐标: 21893830-21895798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001192`
名称	SmilChr02G001192
描述	uncharacterized SmilChr02G001192
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	21893830 - 21895798 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008133`
GeneID	`131008133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008133`
原始查询	`SmilChr02G001192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791011.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057791011.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791011.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791011.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791011.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:21893837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:21893852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:21893877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B140,C17
`Chr2:21893877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C17
`Chr2:21895400`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr2:21895403`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B134,B24,B92,C14,C85
`Chr2:21895403`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B134,B24,B92,C14,C85
`Chr2:21895404`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	31	A18,A20,A8,B107,B109,B113,B114,B121,B124,B127,B15,B16,B22,B24,B34,B35,B40,B44,B5,B61,B88,C19,C2,C46,C5,C53,C78,C8,D11,D6,D7
`Chr2:21895405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B120,C15,D10,D8
`Chr2:21895413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr2:21895415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B93
`Chr2:21895418`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B120,B79,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935028.1
ATGTCACAAACCTTGCAACTTCAGCATCAAGTCATGGATGTTGCTGCTGCTACCATCATGCTGAACCTCACAGAGGTGTTTGCGGAATCGAAGAGATCTGCTCGCTTTAACATAATGAGAGAAATCTTAGCGTGTGAGATTAGCGAGAGCAGTTCCGTCCACAAGCACGAGCGAGAGCAGCTTGACTTGCTGGGTGGGGGTATCGACGGCGAAACTAAGGTCGATATCATCCTAAACACTCTCCCCAAGACATATGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008133
ATGTCACAAACCTTGCAACTTCAGCATCAAGTCATGGATGTTGCTGCTGCTACCATCATGCTGAACCTCACAGAGGTGTTTGCGGAATCGAAGAGATCTGCTCGCTTTAACATAATGAGAGAAATCTTAGCGTGTGAGATTAGCGAGAGCAGTTCCGTCCACAAGCACGAGCGAGAGCAGCTTGACTTGCTGGGTGGGGGTATCGACGGCGAAACTAAGGTCGATATCATCCTAAACACTCTCCCCAAGACATATGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791011.1
MSQTLQLQHQVMDVAAATIMLNLTEVFAESKRSARFNIMREILACEISESSSVHKHEREQLDLLGGGIDGETKVDIILNTLPKTYENFRLNAVMSKVNYSLNELLNALVTAKGVMGKGKEDYVDKHKSKSEIVLQEIEGIGQAIPLPQPSVQEIAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器