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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001215

染色体: Chr02 坐标: 22360668-22361640 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001215
名称SmilChr02G001215
描述fatty acid desaturase 4, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22360668 - 22361640 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011591
GeneID131011591
locus_tag-
NCBI NameLOC131011591
原始查询SmilChr02G001215

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述fatty acid desaturase 4, chloroplastic-like
产物fatty acid desaturase 4%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G27030 (FADA)
fatty acid desaturase A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828811]
identity=50.4; qcov=0.98; evalue=9.15e-78; confidence=high
RiceOs08g0187900
-
identity=39.9; qcov=0.943; evalue=3.56e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF10520 (Lipid_desat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011591

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057795341.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057795341.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795341.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795341.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795341.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22360946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr2:22360966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:22360967 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B111
Chr2:22360967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr2:22360983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:22361051 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B106,C71
Chr2:22361051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C71
Chr2:22361055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C71
Chr2:22361056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr2:22361067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B15,B89,C80
Chr2:22361125 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 6 A18,B109,B126,B49,C60,D2
Chr2:22361222 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A9,B110,B75,C45,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795341.1
247 aa
N
1
124
247
Lipid_desat
C
PF10520 Lipid_desat 65-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795341.1 Pfam PF10520 Lipid_desat Domain 65 233 1.1e-60 205.4 Lipid desaturase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939358.1
CTCTATAATTTACTTGGAACATATTTCATCACAATTTTTTGATCAGATTTCGACGGCAAATATCTTCATAAATTCTAATCTCCAAACCATTTCTTTCCATTAATTCTCAACTCTCTCTTTCTCCAACATGGAGCTTAAACAGAGGTCAGCCTCGCAAACCCTAAATCAAGAGAGTAATTGGCCCATCACTACCTTCGCTCACCGTGCACGCTTGGCCGCTGGCTGCGCCACCTTGCTATTCTCCATAGCCAAATCCCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011591
ATGGAGCTTAAACAGAGGTCAGCCTCGCAAACCCTAAATCAAGAGAGTAATTGGCCCATCACTACCTTCGCTCACCGTGCACGCTTGGCCGCTGGCTGCGCCACCTTGCTATTCTCCATAGCCAAATCCCTAGTGCTGACCACCGCCGCTCCACGGGCATGGCTCGAGTCCATGCTTGCCGCCACGGTGGCCTACTTCACGGCGGACCTAGTTACGGGCATTTATCACTGGGCCATAGACAACTACGGCAGCGCCCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795341.1
MELKQRSASQTLNQESNWPITTFAHRARLAAGCATLLFSIAKSLVLTTAAPRAWLESMLAATVAYFTADLVTGIYHWAIDNYGSAQTPIFGSQIVGFQGHHHRPSQLAKPPVAYNVHIAAAAVTAVVTPINLLCSDPVFLLFVGVFAGCVMFSQQFHAWAHTPKGRLPTLVAMLQDAGIILRRADHAAHHRPPFNNSYCIVSGVWNRVLDRSKFFVALEVVVATALGHEPRSWSDTISDWSEKSGTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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