Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001218

染色体: Chr02 坐标: 22376649-22383196 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001218
名称SmilChr02G001218
描述vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22376649 - 22383196 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011594
GeneID131011594
locus_tag-
NCBI NameLOC131011594
原始查询SmilChr02G001218

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1
产物vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1
ArabidopsisAT4G27040 (VPS22)
EAP30/Vps36 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828812]
identity=85.2; qcov=1; evalue=4.13e-164; confidence=high
RiceOs09g0529700 (OsVPS22)
-
identity=78.3; qcov=0.996; evalue=2.25e-148; confidence=high
GOGO:0000814 (ESCRT II complex); GO:0043328 (protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04157 (EAP30)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011594

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795343.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795343.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057795343.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057795343.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057795343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22377063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:22377068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr2:22378700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C71
Chr2:22380260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:22380297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795343.1
250 aa
N
1
125
250
EAP30
C
PF04157 EAP30 6-225 aa
XP_057795344.1
250 aa
N
1
125
250
EAP30
C
PF04157 EAP30 6-225 aa
XP_057795345.1
250 aa
N
1
125
250
EAP30
C
PF04157 EAP30 6-225 aa
XP_057795346.1
250 aa
N
1
125
250
EAP30
C
PF04157 EAP30 6-225 aa
XP_057795347.1
250 aa
N
1
125
250
EAP30
C
PF04157 EAP30 6-225 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795343.1 Pfam PF04157 EAP30 Family 6 225 1e-57 195.9 EAP30/Vps36 family
XP_057795344.1 Pfam PF04157 EAP30 Family 6 225 1e-57 195.9 EAP30/Vps36 family
XP_057795345.1 Pfam PF04157 EAP30 Family 6 225 1e-57 195.9 EAP30/Vps36 family
XP_057795346.1 Pfam PF04157 EAP30 Family 6 225 1e-57 195.9 EAP30/Vps36 family
XP_057795347.1 Pfam PF04157 EAP30 Family 6 225 1e-57 195.9 EAP30/Vps36 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939363.1
TGTCAATGAGCGGATTTTACCCGGACCAGAACCATTAAAATTGTTACGGTTTCGGAACCAGAACCGATCCATTGCTTATTAGATCCACACCGGACCGGACCATTAAATGATAAATAAAATGGTTTTGGGTAGGTTAATTACCCATGGGTCTTATCAGATCTATAGACCCAATAATATCCATTACCAAACTTAAAAAAGCCCAAAAAAGACCAAAAAAGCCCATGGTCTCAAACGCTCAAATCTCAATTCTCGTCTGAATT...
XM_057939364.1
TGTCAATGAGCGGATTTTACCCGGACCAGAACCATTAAAATTGTTACGGTTTCGGAACCAGAACCGATCCATTGCTTATTAGATCCACACCGGACCGGACCATTAAATGATAAATAAAATGGTTTTGGGTAGGTTAATTACCCATGGGTCTTATCAGATCTATAGACCCAATAATATCCATTACCAAACTTAAAAAAGCCCAAAAAAGACCAAAAAAGCCCATGGTCTCAAACGCTCAAATCTCAATTCTCGTCTGAATT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131011594
ATGAGGCGTAGACCTGGAATTGGAGGTTTGCAGAATGCCGCCGCTGCTAGGGATCAATACCGATTGCTTGGAGAAAATGTGGCAAAATTGCGGACGGATCTCATGAAAGAACAACTCGCTACATTTCGTTCTCAGCTAGAAGATTTTGCCCGCAAACACAAGAATGACATTCGCAAAAATCCAGCATTTCGGTCGCAATTTCATGAGATGTGTGCCAAAGTAGGAGTTGATCCTCTGGCTTCTAACAAGGGTTTCTGGGC...
LOC131011594
ATGAGGCGTAGACCTGGAATTGGAGGTTTGCAGAATGCCGCCGCTGCTAGGGATCAATACCGATTGCTTGGAGAAAATGTGGCAAAATTGCGGACGGATCTCATGAAAGAACAACTCGCTACATTTCGTTCTCAGCTAGAAGATTTTGCCCGCAAACACAAGAATGACATTCGCAAAAATCCAGCATTTCGGTCGCAATTTCATGAGATGTGTGCCAAAGTAGGAGTTGATCCTCTGGCTTCTAACAAGGGTTTCTGGGC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057795343.1
MRRRPGIGGLQNAAAARDQYRLLGENVAKLRTDLMKEQLATFRSQLEDFARKHKNDIRKNPAFRSQFHEMCAKVGVDPLASNKGFWAELLGIGDFYYELGVQIVDICLATRPHNGGLISLEELCKLLGQRRKGTREAISQDDCLRAISKLKVLGNGFEVISLGKKKLVRSVPTELNKDHNEILELAQGQGFVTVDEVQRRLSWTSGRATDALETLLEEGLAMIDNGHKDGRSRYWFPCVSSVSSYTASDV
XP_057795344.1
MRRRPGIGGLQNAAAARDQYRLLGENVAKLRTDLMKEQLATFRSQLEDFARKHKNDIRKNPAFRSQFHEMCAKVGVDPLASNKGFWAELLGIGDFYYELGVQIVDICLATRPHNGGLISLEELCKLLGQRRKGTREAISQDDCLRAISKLKVLGNGFEVISLGKKKLVRSVPTELNKDHNEILELAQGQGFVTVDEVQRRLSWTSGRATDALETLLEEGLAMIDNGHKDGRSRYWFPCVSSVSSYTASDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器