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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001220

染色体: Chr02 坐标: 22396798-22402412 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001220
名称SmilChr02G001220
描述probable folate-biopterin transporter 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22396798 - 22402412 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011595
GeneID131011595
locus_tag-
NCBI NameLOC131011595
原始查询SmilChr02G001220

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable folate-biopterin transporter 4
产物probable folate-biopterin transporter 4
ArabidopsisAT5G54860 (AT5G54860)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835577]
identity=68.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0243200 (Os_F0797)
-
identity=56.4; qcov=0.864; evalue=1.73e-163; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03092 (BT1); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057795348.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057795348.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795348.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795348.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22397038 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr2:22397038 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr2:22397052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:22397167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C17
Chr2:22398590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr2:22398816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:22401977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr2:22401979 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C49
Chr2:22401979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795348.1
501 aa
N
1
250
501
MFS_1
BT1
C
PF07690 MFS_1 23-450 aa PF03092 BT1 27-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795348.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 23 450 9.6e-22 78.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057795348.1 Pfam PF03092 BT1 Family 27 494 1.2e-103 347.9 BT1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939365.1
AAAAGAGGTATAAATACATTTCAGTGGAGAAAATTGCAAACAGTCAACAACTAAGAAAAGAAACCGTTGAACGCAGAAGAAAACCGTTGAACGAAAAAAAGGAGAGGGAGGAACATAAAATTCGAACAATGAAGCAAATTCCATGCGTAATCTCCTAAATTTTCCCTAAGATCCAATTCCCCTCAATCTCCTCCGCGATTTCATTCGCTTTTTATATGCATGTGCGGAAGATGGAGATTTTAGATAAAGAATTCTTCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011595
ATGATAAGTTGGTTGAAGAAATTAGGGATCGCATTTGGGGCATCGTTTCTATGGCTGGTTTGCTTCATTTACTTCACCCAGGGCTTCAGATCATTTGTTTGGACTGCTGTGTCATACCTGCTTAAAGACAAGCTAATGCTATCACCTTCAGCATCCCAGTTCGTGACAACAATAGCCTTTTTCCCTTGGAGTATCAAACCAGTATATGGAATTTTGTCAGATTGCATACCCATTGGAGGAAAAAAAAGGATTCCTTACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795348.1
MISWLKKLGIAFGASFLWLVCFIYFTQGFRSFVWTAVSYLLKDKLMLSPSASQFVTTIAFFPWSIKPVYGILSDCIPIGGKKRIPYLMIATLLSLFPWLILGIHTSSRTSRLPLMILLTVQNLGSAMADVVIDAMIAEAVRFERASFAGDLQSISWMAMAFGGICGSLFGGYTLNNLQIDKIFLLFSILPAIQLLSCSLVEENSVEDKVLSENSSSNGASHSINGKDSHEDNLGSHNNISTKKSAKNTHRRRRGQKSTKQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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