Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001228`

染色体: Chr02 坐标: 22576470-22583545 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001228`
名称	SmilChr02G001228
描述	DNA polymerase I B, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	22576470 - 22583545 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011601`
GeneID	`131011601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011601`
原始查询	`SmilChr02G001228`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA polymerase I B, chloroplastic/mitochondrial
产物	DNA polymerase I B%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G20540` (POLGAMMA1) polymerase gamma 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821600] identity=69.5; qcov=0.744; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0175300` (PolI-like) - identity=63; qcov=0.821; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003887 (DNA-directed DNA polymerase activity); GO:0006261 (DNA-templated DNA replication); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0008408 (3'-5' exonuclease activity)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00476 (DNA_pol_A); PF01612 (DNA_pol_A_exo1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057795352.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057795352.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795352.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795352.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795352.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:22577509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,B80
`Chr2:22577664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C71
`Chr2:22577774`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:22578373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B57,B74
`Chr2:22578588`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B93,C2,C72
`Chr2:22578592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,C30
`Chr2:22578594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr2:22578859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C71
`Chr2:22579183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B71,C62
`Chr2:22579199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:22579768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr2:22579889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795352.1

1085 aa

542

1085

DNA_pol_A_exo1

DNA_pol_A

PF01612 DNA_pol_A_exo1 363-525 aa PF00476 DNA_pol_A 751-877 aa PF00476 DNA_pol_A 905-1082 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795352.1`	Pfam	`PF01612`	DNA_pol_A_exo1	Domain	363	525	8.6e-10	39.4	3'-5' exonuclease
`XP_057795352.1`	Pfam	`PF00476`	DNA_pol_A	Domain	751	877	5.6e-77	259.9	DNA polymerase family A
`XP_057795352.1`	Pfam	`PF00476`	DNA_pol_A	Domain	905	1082	5.6e-77	259.9	DNA polymerase family A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939369.1
ATGACTGAATTTTCGAATACAGTTTTATATATAAAGAAGAAAAACTCGATTGCTATTGCCGCTGATGTGCCCTTTCCCTATTCTCTCTGCCTCTTCCTCCCTCTCTCTCTGTCTCTCTACGCTCTACCAATCCCACTTTCTCTTTGTAGAAACGCATGTGCCCTTGTGCCTCCTTCCGCCACTTCCACACTCCCTGACAAACAAACGATAAACCCCTTTTAAACCCCTCTTATTTACAGCCGCCAATTAATCCCTCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011601
ATGGCTAAAATGGGATTTTCTGCGCCCACCGCCCCTTTCCGGCCCTCGTCGTTTTGCCCGCCGTATTTCTGGTTTTGCCGCTCTTGCATTAAGTTCTACTCCGTTTCTTCTTCGACCAAAGTTTTCTGCAGGGTGGAAGATAAAGCGACCCGAAGTGCTCATAGTGGCATCACCAATGGAGCTATCAGTGCTGATGTGCTTGAATTAAACCAAAAGTCGAACTACAGTACATTTCAGCACAATGAGAATCAAATGATTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795352.1
MAKMGFSAPTAPFRPSSFCPPYFWFCRSCIKFYSVSSSTKVFCRVEDKATRSAHSGITNGAISADVLELNQKSNYSTFQHNENQMIYRERSDFTYKWKKKPSFNREAEAIEEDSQGILTEVLNTAQTTNDCGHTIEDWGKATEEYRINKRLFVHGTNTSAKLKTTSEGDNRRKTIYEGEGRALSRNEVKYTGNGRQHVHHISHNQVSVGQVGSHVVPLPKNDKKIVLDGHLMEKDAHPSCWGIKSVQGPKPDKDEVFHNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器