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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001239

染色体: Chr02 坐标: 22779036-22780009 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001239
名称SmilChr02G001239
描述uncharacterized SmilChr02G001239
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22779036 - 22780009 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008145
GeneID131008145
locus_tag-
NCBI NameLOC131008145
原始查询SmilChr02G001239

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791022.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057791022.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057791022.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057791022.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791022.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22779058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B12,B59,B77,C9
Chr2:22779060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C60
Chr2:22779075 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A23,B18,B37,B87,C29,C30,C37,C53,C57
Chr2:22779078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B60,C25,C63
Chr2:22779089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B45,C57
Chr2:22779096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,C83
Chr2:22779102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B29,B41,B43
Chr2:22779108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B96,D4
Chr2:22779109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B29,B41,B43
Chr2:22779112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:22779118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,C10,C62,C64
Chr2:22779128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935039.1
ATGGCAAAAACCAAAGGAGGAGCAGGCTCCGGAAATACCCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCGGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCACCGAAGACCCTTTGCTGAAGATCCAGCCCGAGGACAAAGGGCGTGCCAAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACGCAACCGGAAGAAGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008145
ATGGCAAAAACCAAAGGAGGAGCAGGCTCCGGAAATACCCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCGGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCACCGAAGACCCTTTGCTGAAGATCCAGCCCGAGGACAAAGGGCGTGCCAAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACGCAACCGGAAGAAGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791022.1
MAKTKGGAGSGNTQPPKKKGAKLPPPKRTTRRTASEETSTKITEDPLLKIQPEDKGRAKVLQQEEREVARAAAESTQPEEGEPELTPPVKKSKKAQARGETASEETEAEEEKGEEEKVDEEEDDEAEKVEAVQEREVEIPTPQSKRPGVKRKLDVAKPPLPVKAKPAPAGSKTRTKAEQSKKPRKPTAAEKGKAKEMEEPMEVDPERTEMVESSNSEDVVAPAKPVTSTITSKPKGVKRRGVVRPSTMETVIPRDSLRYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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