Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001260`

染色体: Chr02 坐标: 23115866-23117023 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001260`
名称	SmilChr02G001260
描述	uncharacterized SmilChr02G001260
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	23115866 - 23117023 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008151`
GeneID	`131008151`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008151`
原始查询	`SmilChr02G001260`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os09g0480300` - identity=32.3; qcov=0.635; evalue=7.37e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791028.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791028.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791028.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791028.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791028.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:23115877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr2:23115907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	51	A18,A2,A20,A6,A8,B10,B106,B11,B110,B119,B132,B137,B18,B19,B26,B32,B33,B34,B47,B50,B52,B57,B60,B63,B73,B77,B81,B83,B86,B88,B9,B99,C10,C2,C26,C28,C3,C35,C36,C39,C40,C41,C5,C51,C6,C65,C71,C75,C82,C87,D11
`Chr2:23115918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B21,C15
`Chr2:23116053`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A18,A2,B100,B11,B119,B123,B133,B136,B17,B26,B36,B47,B51,B52,B57,B77,B87,B88,B93,C18,C2,C23,C39,C40,C5,C51,C65,C71,C77,C87
`Chr2:23116055`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	37	A20,A6,A8,B10,B106,B110,B132,B137,B18,B19,B25,B32,B33,B34,B37,B41,B50,B52,B60,B63,B72,B73,B81,B83,B86,B9,B99,C10,C26,C28,C35,C36,C41,C6,C75,C82,C87
`Chr2:23116120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B104,B83,C17,C21
`Chr2:23116127`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	B10,B134,B81,B82,B91,C16,C6,C83
`Chr2:23116211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B135,B67,B68,C60
`Chr2:23116277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr2:23116282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr2:23116285`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	33	A10,A14,A15,B108,B124,B138,B140,B23,B35,B45,B5,B7,B80,B85,B9,B90,B92,C13,C16,C22,C39,C4,C43,C49,C58,C62,C65,C75,C8,C82,C84,D3,D6
`Chr2:23116297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935045.1
GGGCCTGTTACCTGCAATCGAGCAACTATTTCCTTATTGTGAGCACAGATTTTGTGTGCGACACATCTTGGCCAACTTTAAGTTAAGATTTCAAGGGAAAGAAGTGAAAGATCTACTATGGAGTTCAGCAAGAGCCAGTCACCCAGATGCTTTCAAGAAACAAATGGACAAGCTAGCAAGGTTGAACAATGAGGCATATCAATATTTAAATAATATATCTCCTAATCACTGGACAAGGTCACATTTTTTTACTAACACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008151
ATGTATTACAACAATGATAACCCTTGTGACTACATTGATAATTGCTATAAAGTGTCTACATACTTGAAGACTTATAGTCATTTGATAAATCCTACTAATGGAAAAGATATGTGGCCTAAAAGCATTATGCCTCCTATCATACCAAATGAGGTTCCAAAGCCAAAAAAAGGTAGAAGACAAATAATGCGAAAGAAGGAACCTGGTGAGGGTTCAAATGGAACCAAGAACGGAATCGTTAGTGGAAAGGTCTCTAAGAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791028.1
MYYNNDNPCDYIDNCYKVSTYLKTYSHLINPTNGKDMWPKSIMPPIIPNEVPKPKKGRRQIMRKKEPGEGSNGTKNGIVSGKVSKKGTVMHCSICGSTEHNKRYHGKQGSDATQPIPKKLPVRRNKSVGQSGGLHSISMPHTMQWMPDVSSKLENL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器