Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001262`

染色体: Chr02 坐标: 23125958-23126782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001262`
名称	SmilChr02G001262
描述	uncharacterized SmilChr02G001262
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	23125958 - 23126782 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008152`
GeneID	`131008152`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008152`
原始查询	`SmilChr02G001262`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008152

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057791029.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057791029.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057791029.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057791029.1`
5	Cell projection	细胞突起	0.20000	`XP_057791029.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:23125960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B114,B75,C65
`Chr2:23125980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B8,B97,C81
`Chr2:23125984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B8,B97,C81
`Chr2:23125990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B76
`Chr2:23126021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:23126030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B138,B65,C10,C45,C51
`Chr2:23126030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B65,C10,C45,C51
`Chr2:23126054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B8
`Chr2:23126054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr2:23126090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B33,B40,C81
`Chr2:23126093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B42,B43,B87
`Chr2:23126102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	73	A22,A23,A25,A4,A5,B101,B105,B106,B115,B118,B122,B125,B128,B13,B130,B134,B135,B137,B138,B140,B19,B2,B27,B34,B44,B49,B5,B50,B51,B52,B61,B64,B69,B71,B72,B78,B80,B88,B90,B91,B93,B98,C12,C16,C17,C2,C23,C24,C25,C26,C30,C31,C32,C36,C40,C43,C45,C46,C49,C55,C56,C57,C6,C63,C64,C68,C70,C72,C8,C85,C87,D2,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935046.1
ATGGCAGAATATTTTGATATTTGTGTGTACATGAGCCGTTTGGAGGAAGCAATTCCCAAGTATGGAGTTACGCAGATCCAATACCATGAAGTCATACGAACGTTGGCGAAATTGCCCAAACTTTTTAAGGTTGGGCATAACTCGCAAATACATTTGCGTGATTCTGATCCTGACAGCACCATTCAAGCCTTCATACACGCGATCATGTCAGTCATTCAATCGGCACAACAGGATGTTGAGTGTGTTGACGCAACAGTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008152
ATGGCAGAATATTTTGATATTTGTGTGTACATGAGCCGTTTGGAGGAAGCAATTCCCAAGTATGGAGTTACGCAGATCCAATACCATGAAGTCATACGAACGTTGGCGAAATTGCCCAAACTTTTTAAGGTTGGGCATAACTCGCAAATACATTTGCGTGATTCTGATCCTGACAGCACCATTCAAGCCTTCATACACGCGATCATGTCAGTCATTCAATCGGCACAACAGGATGTTGAGTGTGTTGACGCAACAGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791029.1
MAEYFDICVYMSRLEEAIPKYGVTQIQYHEVIRTLAKLPKLFKVGHNSQIHLRDSDPDSTIQAFIHAIMSVIQSAQQDVECVDATVKCFETHVLQVVSWLREMVRQCKGENPALQTPALQGPALPRPALPSPALQGPALPRPALPSPALQGPALPSPALPNAALQNSAVQNPAMHNLALQNSALPNPALQNPAMQNAALQNSALQSPVLPSPALTSPALPSPTLTSPALTSPCQEEKAAQQIERELEKEEVLVSLLDGDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器