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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001270

染色体: Chr02 坐标: 23248477-23257609 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001270
名称SmilChr02G001270
描述uncharacterized SmilChr02G001270
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23248477 - 23257609 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008361
GeneID131008361
locus_tag-
NCBI NameLOC131008361
原始查询SmilChr02G001270

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述amino-terminal region of chorein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821620]; symbol=AT3G20720; hit=AT3G20720; species=arabidopsis; confidence=high
产物amino-terminal region of chorein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821620]; symbol=AT3G20720; hit=AT3G20720; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G20720 (AT3G20720)
amino-terminal region of chorein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821620]
identity=59.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0628600
-
identity=53.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057791227.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057791227.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057791227.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057791228.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057791229.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23248786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr2:23248812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B77
Chr2:23248879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:23249231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:23249450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:23250449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr2:23250458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr2:23251005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B37,B6,C63
Chr2:23251036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C12,C30
Chr2:23251085 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr2:23251085 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr2:23252400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935245.1
AACACCGGGCTGTGATCCTCTACATCGCCGTGCTCTGTTCTCATCTAATCACACACCGTAATTCGACCATCAAACTCACTAGCTTGCCGAAAGCTTCCCACAGCGGAACCGCAGAATCTTCCGCGCGTGCCAGTCACATGACCGTCTAAACCCTGCTCGCACGTGCCACCCCTTTTATTCCCTCTCTCCTTTATCATCCGACTCTCTCTCTCTCCAATCGGATCCCGCCTCCGATCTGGTGATCTCTGGTTACTCCGGCA...
XM_057935244.1
AACACCGGGCTGTGATCCTCTACATCGCCGTGCTCTGTTCTCATCTAATCACACACCGTAATTCGACCATCAAACTCACTAGCTTGCCGAAAGCTTCCCACAGCGGAACCGCAGAATCTTCCGCGCGTGCCAGTCACATGACCGTCTAAACCCTGCTCGCACGTGCCACCCCTTTTATTCCCTCTCTCCTTTATCATCCGACTCTCTCTCTCTCCAATCGGATCCCGCCTCCGATCTGGTGATCTCTGGTTACTCCGGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131008361
ATGGAGTCTATCTTGGCTCGAGCGCTGGAGTACACTCTCAAGTATTGGTTAAAATCATTCAGTAGAGATCAGTTCAAATTGCAGGGGCGCACCGCGCAACTTTACAATCTAGATATTAATGGAGACGCATTACATGCGAGTATGGGATTGCCGCCGGCGCTGAATGTCACCACCGCCAAAGTTGGCAAATTGGAGATTATGCTTCCTTCGGTGAGCTACGTACAAGTAGAGCCAATTGTGGTGCAAATTGATAGGCTGGA...
LOC131008361
ATGGAGTCTATCTTGGCTCGAGCGCTGGAGTACACTCTCAAGTATTGGTTAAAATCATTCAGTAGAGATCAGTTCAAATTGCAGGGGCGCACCGCGCAACTTTACAATCTAGATATTAATGGAGACGCATTACATGCGAGTATGGGATTGCCGCCGGCGCTGAATGTCACCACCGCCAAAGTTGGCAAATTGGAGATTATGCTTCCTTCGGTGAGCTACGTACAAGTAGAGCCAATTGTGGTGCAAATTGATAGGCTGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057791227.1
MESILARALEYTLKYWLKSFSRDQFKLQGRTAQLYNLDINGDALHASMGLPPALNVTTAKVGKLEIMLPSVSYVQVEPIVVQIDRLDLVLVENDDIDVSSNPSSASTSTSTGKGNGYGFADKIADGMTLQVGIVNLLLEAHGGARHRGGATWASPMASITIRNLILCTTNENWEVVNLKEARDFSTGKKFIYVFKKLQWEHLSIDLLPHPDMFADLNFLNSQEGTNKKDEDGAKRVFFGGERFIEGISGEAYITIQRTEL...
XP_057791228.1
MESILARALEYTLKYWLKSFSRDQFKLQGRTAQLYNLDINGDALHASMGLPPALNVTTAKVGKLEIMLPSVSYVQVEPIVVQIDRLDLVLVENDDIDVSSNPSSASTSTSTGKGNGYGFADKIADGMTLQVGIVNLLLEAHGGARHRGGATWASPMASITIRNLILCTTNENWEVVNLKEARDFSTGKKFIYVFKKLQWEHLSIDLLPHPDMFADLNFLNSQEGTNKKDEDGAKRVFFGGERFIEGISGEAYITIQRTEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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