当前解析结果
SmilChr02G001271| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001271 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001271 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001271 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 23269738 - 23271189 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008156 |
|---|---|
| GeneID | 131008156 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008156 |
| 原始查询 | SmilChr02G001271 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os10g0468250; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=31.7; qcov=0.883; evalue=4.35e-58; confidence=low |
| Rice | Os10g0468250- identity=40.7; qcov=0.829; evalue=4.48e-75; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008156 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057791033.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057791033.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057791033.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791033.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057791033.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:23269809 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr2:23269828 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr2:23269846 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,B69 |
Chr2:23269978 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A14,A20,B122,B30,B42,B69,B94,C16,C62 |
Chr2:23269996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:23270008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B5,C48,C60 |
Chr2:23270013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr2:23270031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:23270112 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A24,B42,B74,B84,C11,C32,C61 |
Chr2:23270144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B123,B126,B42,B66 |
Chr2:23270144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B126,B42,B66 |
Chr2:23270147 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B47,B48,B7,B73,C5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791033.1PF26138
DUF8040 67-149 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 174-341 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 181-342 aa
PF04827
Plant_tran 211-344 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791033.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 67 | 149 | 2.4e-22 | 79.3 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057791033.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 174 | 341 | 8.7e-11 | 42.7 | Transposase DDE domain |
XP_057791033.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 181 | 342 | 9.2e-19 | 68.3 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057791033.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 211 | 344 | 6.6e-05 | 23.3 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。